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波纹龙虾全长转录组测序分析
文献摘要：
[目的]获得波纹龙虾丰富的转录组信息和功能基因.[方法]利用太平洋生物平台单分子实时测序技术,对波纹龙虾鳃、肝胰腺、肌肉、性腺、眼柄等组织混合进行全长转录组测序,获得波纹龙虾全长转录文库.[结果]单分子产出的高质量测序reads总量为71.57 G,通过测序拼接和去冗余后共获得10425个Unigene,平均长度为4147 bp.使用GO、NR、Pfam、NT、KEGG、SwissProt、KOG等数据库对全长序列进行基因功能注释,其中9580条序列得到NR数据库注释,分别比对到358个物种,其中与钩虾(Hyalella azteca)基因相似的序列最多,为3865个;有7585条序列得到GO注释;KOG功能注释将7436条单基因簇分为26个功能组分,其中一般功能预测的最多,为1421条;KEGG注释结果发现,心肌细胞的肾上腺素能信号、病毒性心肌炎、心脏肌肉收缩中注释的基因较多,分别为289、254和236条.[结论]通过全长转录组测序数据分析及功能注释,为进一步了解波纹龙虾的生物学特性、基因功能、相关代谢途径和信号通路等提供理论基础,为后续研究提供参考.
文献关键词：
波纹龙虾(Panulirus homarus);全长转录组;三代测序;功能注释
中图分类号：
作者姓名：
梁妃爽;梁华芳;孙榕泽;徐思行;温崇庆;王伟
作者机构：
广东海洋大学水产学院,广东湛江524088
文献出处：
引用格式：
[1]梁妃爽;梁华芳;孙榕泽;徐思行;温崇庆;王伟-.波纹龙虾全长转录组测序分析)[J].安徽农业科学,2022(14):92-97,100
A类：
Hyalella,azteca
B类：
波纹龙虾,全长转录组测序,转录组测序分析,功能基因,太平洋,单分子实时测序,肝胰腺,性腺,眼柄,录文,文库,reads,拼接,去冗,共获,Unigene,平均长度,bp,NR,Pfam,NT,SwissProt,KOG,基因功能注释,单基因,基因簇,功能组分,功能预测,心肌细胞,肾上腺素,病毒性心肌炎,肌肉收缩,序数,生物学特性,代谢途径,Panulirus,homarus,三代测序
AB值：
0.324983
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