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牛肉红朱橘抗氧化生物合成关键基因的表达特征
文献摘要：
[目的]探明贵州地方特色柑橘种质牛肉红朱橘(NRH)抗氧化生物合成关键基因及表达特征,揭示其抗氧化生物活性的形成机理,为地方柑橘资源的开发利用提供依据.[方法]利用RNA-Seq技术对NRH及其亲本朱红橘(ZHJ)进行转录组测序分析.[结果]除去低质量数据后Clean reads数为(3.93～4.49)×107个,总净核苷酸数为(5.89～6.73)×109个;在阈值为| log2 (FoldChange)|＞0和padj＜0.05时,共筛选到1282个差异表达基因,其中上调833个,下调449个.GO功能富集分析共富集到9个差异类别.KEGG功能富集分析的代谢通路主要包括核糖体、淀粉和蔗糖代谢、类胡萝]素生物合成、MAPK信号通路和苯丙烷生物合成等.[结论]鉴定出2条与抗氧化密切相关的代谢通路,即类胡萝卜素(7个差异基因)和苯丙烷生物合成途径(16个差异基因),其中17个基因在NRH中上调表达,6个下调表达.
文献关键词：
柑橘;牛肉红朱橘;抗氧化;差异表达基因;类胡萝卜素;苯丙烷
中图分类号：
作者姓名：
李文云;罗怿;王小柯;柏自琴;林乾;李金强
作者机构：
贵州省农业科学院果树科学研究所,贵州贵阳550006
文献出处：
引用格式：
[1]李文云;罗怿;王小柯;柏自琴;林乾;李金强-.牛肉红朱橘抗氧化生物合成关键基因的表达特征)[J].贵州农业科学,2022(02):63-69
A类：
牛肉红朱橘,朱红橘,ZHJ,padj
B类：
关键基因,表达特征,地方特色,柑橘种质,NRH,形成机理,Seq,亲本,转录组测序分析,除去,低质量,质量数据,Clean,reads,log2,FoldChange,差异表达基因,功能富集分析,共富集,异类,代谢通路,核糖体,蔗糖代谢,MAPK,苯丙烷,类胡萝卜素,差异基因,生物合成途径
AB值：
0.249869
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