典型文献
鲫鱼血液、肝脏、卵巢组织转录组比较分析
文献摘要：
为进一步丰富鲫鱼基因组数据,对肝脏、血液和卵巢组织进行高通量转录组测序.采用Illumina Hiseq高通量测序平台进行转录组测序,对所获得序列进行比对、基因注释、差异表达和SNP、SSR分析.结果提示,组装得到127 801条unigene,平均长度为735 bp.与相应数据库比对,最终获得117 414(91.87％)个有注释信息的unigene,有105条unigene获得GO注释,并分类到生物学过程、细胞组分和分子功能三大类42个功能中;有20 725条unigene被归纳到KOG的26个直系同源功能类型;获得KEGG注释的unigene共参与五大类32小类代谢通路.在鲫鱼肝脏、血液和卵巢组织中分别检测到307 740、343 516、348 795个SNP位点,共检测到48 808个SSR位点.提示获得有注释信息的unigene共117 414条,此外,获得一些SNP和SSR位点.结果可为进一步克隆和挖掘鲫鱼功能基因、多态性检测及群体遗传多样性分析等方面研究奠定基础.
文献关键词：
鲫鱼;转录组学;肝脏;血液;卵巢;unigene;SNP分析;SSR分析;高通量测序
中图分类号：
作者姓名：
李青;何斌;陈群利;游萍
作者机构：
贵州工程应用技术学院生态工程学院,贵州毕节551700
文献出处：
引用格式：
[1]李青;何斌;陈群利;游萍-.鲫鱼血液、肝脏、卵巢组织转录组比较分析)[J].江苏农业科学,2022(03):28-35,48
A类：
B类：
鲫鱼,卵巢组织,基因组数据,高通量转录组测序,Illumina,Hiseq,高通量测序平台,基因注释,差异表达,SNP,SSR,装得,unigene,平均长度,bp,库比,生物学过程,归纳到,KOG,直系,功能类型,五大类,代谢通路,鱼肝,得有,功能基因,多态性检测,群体遗传,遗传多样性分析,转录组学
AB值：
0.345725
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