典型文献
基于高通量测序的蓝莓果实转录组SSR信息分析
文献摘要：
以蓝莓品种'巴尔德温'(Vaccinium Spp.var.Baldwin)的果实为试材,通过转录组高通量测序获得Unigenes数据,分析转录组的SSR信息,开发蓝莓EST-SSR功能性标记引物,以期为开展蓝莓的基因定位及果实品质形成的分子生物学机制等研究提供参考依据.结果表明:转录组测序共获得73 468条Unigenes,其中SSR位点发生频率为20.81％,含有序列的SSR位点3 354条.蓝莓果实转录组SSRs的平均长度为20 bp,平均分布频率为1/3.90 kb.在蓝莓转录组SSR中,2个碱基重复比例最高(41.02％),其次为单碱基重复.单个SSR位点的蓝莓转录组SSR共包含173种重复基元,A/T(36.56％)和AG/CT(41.03％)分别为优势重复基元类型,含有SSR位点的Unigene被富集到 3个Ontology类别的57个GO term中,其中涉及生殖、结合、多细胞生物过程的GO term最多.基于蓝莓果实转录组信息分析,最终设计了 82对SSR序列引物,开发这些潜在多态性高的SSR在蓝莓遗传育种研究和资源评价上具有较高的应用价值.
文献关键词：
蓝莓果实;转录组;SSR;引物设计
中图分类号：
作者姓名：
王小敏;张春红;胡丽超;吴文龙;李维林
作者机构：
江苏省中国科学院植物研究所,江苏南京210014;南京林业大学林学院,南方现代林业协同创新中心,江苏南京210037
文献出处：
引用格式：
[1]王小敏;张春红;胡丽超;吴文龙;李维林-.基于高通量测序的蓝莓果实转录组SSR信息分析)[J].北方园艺,2022(13):49-54
A类：
Spp
B类：
蓝莓果实,信息分析,蓝莓品种,巴尔德,Vaccinium,var,Baldwin,Unigenes,发蓝,EST,基因定位,果实品质,品质形成,分子生物学机制,转录组测序,共获,发生频率,SSRs,平均长度,bp,平均分,分布频率,kb,碱基,复比例,基元,AG,Ontology,term,多细胞,生物过程,多态性,遗传育种,育种研究,资源评价,引物设计
AB值：
0.347549
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