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基于家蚕转录组测序的SSR序列分析
文献摘要：
本研究对家蚕中肠、脂肪体进行转录组测序,分析SSR位点的分布规律和特征.结果表明,从17915个Unigene中共检测到1339个SSR位点,分布在960个Unigene中.SSR位点的基序长度以1 bp为主,随着基序长度的增加,SSR位点数量逐渐减少,SSR位点间的距离和平均长度逐渐增加.家蚕SSR单核苷酸基序类型以A/T为主,占总基序数量的53.10％.SSR位点重复次数主要集中在5～12次,占总SSR位点数的87.60％,其中单核苷酸重复10次的SSR位点最多,共有368个.家蚕转录组SSR基序长度分布范围为10～688 bp,高度多态性SSR位点(长度≥20 bp)有253个,占比18.89％.960个Unigene中分别有125、122个在GO、KEGG数据库中得到功能注释,主要包括蛋白结合、DNA结合、剪接体、代谢途径等通路.随机选择20对EST-SSR引物进行验证,发现19条引物扩增成功.
文献关键词：
家蚕;转录组测序;简单重复序列(SSR);特征分析
中图分类号：
作者姓名：
王晖;王敬;高妍夏;杨帆;马宝俊;谷苗;张乘云;薛翠翠;谢岩
作者机构：
承德医学院蚕业研究所/河北省高校特产蚕桑应用技术研发中心,河北 承德 067000;承德医学院基础医学院,河北 承德 067000;承德医学院护理学院,河北 承德 067000
文献出处：
引用格式：
[1]王晖;王敬;高妍夏;杨帆;马宝俊;谷苗;张乘云;薛翠翠;谢岩-.基于家蚕转录组测序的SSR序列分析)[J].山东农业科学,2022(01):14-20
A类：
B类：
家蚕,转录组测序,SSR,序列分析,中肠,脂肪体,Unigene,基序,bp,平均长度,单核苷酸,序数,复次,分布范围,多态性,功能注释,蛋白结合,剪接体,代谢途径,随机选择,EST,引物,简单重复序列
AB值：
0.272649
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