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基于三色堇全长转录组的MYB基因家族鉴定
文献摘要：
在全长转录组水平鉴定三色堇(Viola×wittrockiana Gams.)梦蝶品种MYB转录因子家族成员,对其序列特征、进化关系、蛋白质保守基序等生物信息学特征进行鉴定,为三色堇MYB基因功能研究提供参考.鉴定结果表明,三色堇含有121个MYB,包含61个1R-MYB、57个R2R3-MYB与3个3R-MYB类转录因子;保守基序预测得到20个motif,其中motif2分布频次最高(15.2％),motif20分布频次最低(0.3％);利用WebLogo分析鉴定出三色堇R2 R3-MY B类转录因子保守结构域含有W型R2 R3保守基序;通过三色堇与拟南芥的同源性与进化关系对三色堇基因功能进行预测,得到30个亚群,其中22个亚组能聚集到拟南芥亚群中,可推测这些VwMYB基因具有相似的功能.本研究结果可为三色堇MYB基因的功能挖掘提供理论基础.
文献关键词：
三色堇;MYB转录因子;全长转录组;基因家族;进化分析
中图分类号：
作者姓名：
谷佳;王童欣;饶英;潘庆龙;李霆格;赵莹;周扬;彭婷;王健
作者机构：
热带特色林木花卉遗传与种质创新教育部重点实验室/海南省热带特色花木资源生物学重点实验室/海南大学林学院,海南海口570228;贵州大学农学院,贵州贵阳550025
文献出处：
引用格式：
[1]谷佳;王童欣;饶英;潘庆龙;李霆格;赵莹;周扬;彭婷;王健-.基于三色堇全长转录组的MYB基因家族鉴定)[J].江苏农业科学,2022(22):11-19
A类：
wittrockiana,Gams,motif20,VwMYB
B类：
三色堇,全长转录组,基因家族鉴定,Viola,梦蝶,序列特征,进化关系,质保,保守基序,基因功能,功能研究,1R,R2R3,3R,WebLogo,分析鉴定,保守结构域,拟南芥,同源性,亚群,功能挖掘,进化分析
AB值：
0.22137
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