典型文献
芒果炭疽病抗感品种全基因组重测序分析
文献摘要：
为挖掘芒果基因组上抗病性遗传信息,本研究以芒果炭疽病高抗品种金煌、高感品种爱文为材料进行全基因组重测序,分别获得5.58 Gb和4.73 Gb原始数据量,测序深度为15.01×和13.73×,基因组覆盖度分别为92.23?和92.27?.以"红象牙"品种的基因组为参考基因组,爱文和金煌分别检测到3316161、3075003个单核苷酸多态性(SNP)位点,244686、201520个插入缺失(InDel)位点.对2个样本间DNA水平变异基因进行KEGG、KOG、NR、SwissProt数据库注释,分别发现28981、17151、30013、22910个变异基因,其中信号转导途径、植物-病原互作代谢途径、水杨酸代谢过程及其他次级代谢物的生物合成存在变异基因.对2个样本间变异基因进行筛选发现与植物抗性相关的重要基因存在变异,其中包括RGA2、RPM1、DSC1、NBS-LRR、At4g27190等抗病蛋白基因的变异以及含NB-ARC结构域的蛋白质、含BTB/POZ结构域和锚蛋白重复序列的NPR1蛋白基因的变异等.本研究结果在一定程度上反映了芒果抗感炭疽病品种在基因组水平的差异,可为抗病特异性分子标记开发提供基础数据,并可为芒果抗病优质品种的创制及选育提供理论依据.
文献关键词：
芒果;全基因组重测序;单核苷酸多态性;炭疽病;变异
中图分类号：
作者姓名：
刁兴旺;吴莉君;何红;姚全胜;柳凤
作者机构：
广东海洋大学滨海农业学院,广东湛江524088;中国热带农业科学院南亚热带作物研究所/海南省热带园艺产品采后生理与保鲜重点实验室/农业部热带果树生物学重点实验室,广东湛江524091
文献出处：
引用格式：
[1]刁兴旺;吴莉君;何红;姚全胜;柳凤-.芒果炭疽病抗感品种全基因组重测序分析)[J].江苏农业科学,2022(23):55-61
A类：
RGA2,At4g27190
B类：
芒果炭疽病,全基因组重测序,测序分析,抗病性,遗传信息,高抗,爱文,Gb,原始数据,数据量,覆盖度,象牙,参考基因,文和,单核苷酸多态性,SNP,插入缺失,InDel,异基因,KOG,NR,SwissProt,中信,信号转导途径,代谢途径,水杨酸,酸代谢,代谢过程,次级代谢物,生物合成,RPM1,DSC1,NBS,LRR,抗病蛋白,ARC,结构域,BTB,POZ,锚蛋白,重复序列,NPR1,分子标记开发,优质品种,创制,选育
AB值：
0.364851
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