典型文献
阳春砂花丝、花柱转录组测序及生物信息学分析
文献摘要：
为进一步探究阳春砂假合蕊柱形成机制,基于RNA-Seq技术对不同生长时期阳春砂花丝、花柱进行转录组测序及生物信息学分析,获得阳春砂转录组数据并筛选出激素合成及信号转导通路基因,为后续研究阳春砂基因功能、代谢途径、花器官发育及运动调控机理等方面提供参考.结果表明,测序数据拼接组装后获得94584条Unigene,总长度为92501015 bp.将获得的Unigene分别在NR、GO、KOG和KEGG等七大数据库中进行比对,共有62174条Unigene得到注释,占全部Unigene的65.73％;NR数据库中注释到58669条Unigene,被注释的同源序列主要来自于小果野芭蕉;有45892条Unigene注释到KOG数据库中,涉及25个功能分类;GO数据库注释Unigene 12050条,按照功能分为3个大类及55个亚类;KEGG数据库中,有44000条Unigene注释到137个代谢通路中;SSR特征分析中共检测到18895个位点,三碱基重复的数目最多,达到6313个,占比为33.41％.2012条Unigene被注释到9种不同激素的合成与信号转导途径中,赤霉素的Unigene被注释到最多,共有505条.本研究通过构建阳春砂花丝、花柱的转录组数据库并进行生物信息学分析,为阳春砂花器官发育相关基因的发掘及利用、基因组的测序与组装、表达谱的比对提供科学依据,也为后续在分子生物学层面对阳春砂假合蕊柱的形成机制开展深入研究提供理论基础.
文献关键词：
阳春砂(Amomum villosum);转录组;花丝;花柱;激素
中图分类号：
作者姓名：
杨博涵;徐杰;汤丽云;苏景;李子翔;何国振
作者机构：
广州中医药大学中药学院,广东广州510006;广东一方制药有限公司/广东省中药配方颗粒企业重点实验室,广东佛山528244;华南农业大学生命科学学院,广东广州510642;阳春市农业试验场(阳春市春砂仁试验场),广东阳春529600
文献出处：
引用格式：
[1]杨博涵;徐杰;汤丽云;苏景;李子翔;何国振-.阳春砂花丝、花柱转录组测序及生物信息学分析)[J].江苏农业科学,2022(22):38-45
A类：
villosum
B类：
阳春砂,花丝,花柱,转录组测序,生物信息学分析,合蕊柱,柱形,Seq,生长时期,转录组数据,信号转导通路,路基,基因功能,代谢途径,花器官发育,运动调控,调控机理,序数,数据拼接,Unigene,总长度,bp,NR,KOG,大数据库,小果,芭蕉,功能分类,亚类,代谢通路,SSR,个位,碱基,信号转导途径,赤霉素,建阳,表达谱,分子生物学,Amomum
AB值：
0.274514
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