典型文献
地黄内生真菌GG22侵染下miR160家族成员及靶基因的鉴定分析
文献摘要：
为明确地黄miR160家族成员在响应内生真菌尖孢镰刀菌Fusarium oxysporum GG22侵染中的作用,该研究从高通量测序技术获得的小RNA数据库中筛选出地黄miR160家族成员,利用RNAfold分析其前体结构,DNAMAN和MEGA对前体序列和成熟序列进行保守性和进化性分析;对地黄miR160家族成员的靶基因进行预测功能注释以及互作关系分析;结合降解组数据对靶基因进行鉴定分析.结果发现miR160前体具有完整的茎环结构;序列比对显示在前体、成熟序列上都具有较高的保守性,成熟序列中5'端第3～16位碱基高度保守;系统进化树说明了地黄与拟南芥、水稻、丹参及芝麻之间的亲缘关系;预测出22个miR160的靶基因中生长素响应因子(ARF)居多;GO功能分析主要富集到生物学过程、细胞组分以及分子功能;降解组测序获得miR160的4个靶基因注释到ARF18和ARF22;表达特性分析表明,地黄经过内生真菌侵染后,通过改变miR160和靶基因的表达来调控植物生长;对差异表达的rgl-miR160a和rgl-miR160a-3p进行qRT-PCR验证,结果显示与测序结果一致.该研究结果进一步明确了地黄在响应GG22胁迫的分子机制,为地黄今后育种改良以及相关研究提供理论依据.
文献关键词：
地黄;miR160;靶基因;GG22
中图分类号：
作者姓名：
许姣;赵乐;董诚明;朱畇昊
作者机构：
河南中医药大学药学院,河南郑州450046;呼吸疾病诊疗与新药研发河南省协同创新中心,河南郑州450046
文献出处：
引用格式：
[1]许姣;赵乐;董诚明;朱畇昊-.地黄内生真菌GG22侵染下miR160家族成员及靶基因的鉴定分析)[J].中国中药杂志,2022(12):3198-3207
A类：
GG22,ARF18,ARF22,rgl,miR160a
B类：
地黄,内生真菌,侵染,靶基因,鉴定分析,尖孢镰刀菌,Fusarium,oxysporum,高通量测序技术,技术获得,RNAfold,DNAMAN,MEGA,保守性,预测功能,功能注释,互作关系,关系分析,解组,对靶,茎环结构,序列比对,列上,碱基,系统进化树,拟南芥,水稻,丹参,芝麻,亲缘关系,预测出,生长素,功能分析,生物学过程,基因注释,表达特性,黄经,达来,植物生长,差异表达,3p,qRT,胁迫,育种改良
AB值：
0.311839
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