典型文献
胰腺癌"炎-癌"转化关键基因筛选及干预中药的预测分析
文献摘要：
目的 通过生物信息学技术筛选胰腺癌(pancreatic cancer)与慢性胰腺炎(chronic pancreatitis,CP)组织的差异基因,预测能够干预胰腺癌"炎-癌"转化进程的中药及其潜在治疗靶点及机制.方法 从基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)获取GSE151945、GSE30134基因芯片,应用R软件进行数据标准化、差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)筛选,并进行基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析;通过STRING数据库构建蛋白-蛋白互作网络,应用Cytoscape构建蛋白互作网络图,应用CytoHubba插件筛选关键基因;使用R软件对关键基因进行生存分析,筛选显著影响胰腺癌预后的基因,通过Kaplan-Meier曲线进行可视化展示;将上述基因与Coremine Medical数据库相互映射,预测潜在治疗作用的中药.从TCMSP和TCMID数据库获取中药化学成分,利用Cytoscape构建"中药-成分-靶点"网络图,并使用CytoHubba插件筛选关键靶点.结果 共筛选出178个DEGs,其中88个上调基因,90个下调基因;DEGs主要参与病毒生命周期、细胞外结构组织、细胞外基质组织、染色质的共价修饰等生物功能;KEGG通路分析显示DEGs主要富集在人乳头瘤病毒感染、志贺菌病、亨廷顿病、癌症蛋白多糖和丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)信号通路;共得出20个关键基因,生存分析提示黏附连接相关蛋白纽蛋白(vinculin,VCL)、核不均一性核糖核蛋白L(heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L,HNRNPL)、小泛素样修饰物 3(small ubiquitin like modifier 3,SUMO3)、整合素 α3(integrin subunit alpha 3,ITGA3)、整合素 β5(integrin subunit beta 5,ITGB5)、黏结蛋白聚糖 1(syndecan 1,SDC1)和神经细胞黏附分子 1(neural cell adhesion molecule 1,NCAM1)显著影响胰腺癌预后;筛选得到干预胰腺癌"炎-癌"转化进程的潜在中药有夏枯草、金钱草、紫苏、生地、赤芍、菟丝子等.结论 胰腺癌"炎-癌"转化机制复杂,中药可通过多靶点干预胰腺癌"炎-癌"转化,该研究将为胰腺癌发生机制和治疗药物的研究提供参考方向.
文献关键词：
慢性胰腺炎;胰腺癌;生物信息学;中药预测;夏枯草;金钱草;紫苏;生地黄;赤芍;菟丝子
中图分类号：
作者姓名：
肖祥;吴宣諭
作者机构：
成都中医药大学附属医院,四川成都 610072
文献出处：
引用格式：
[1]肖祥;吴宣諭-.胰腺癌"炎-癌"转化关键基因筛选及干预中药的预测分析)[J].中草药,2022(15):4795-4806
A类：
GSE151945,GSE30134,SUMO3
B类：
胰腺癌,关键基因筛选,预测分析,生物信息学技术,技术筛选,pancreatic,cancer,慢性胰腺炎,chronic,pancreatitis,CP,差异基因,潜在治疗,治疗靶点,基因表达数据库,Gene,Expression,Omnibus,GEO,基因芯片,数据标准化,差异表达基因,differentially,expressed,genes,DEGs,基因本体论,ontology,京都基因与基因组百科全书,Kyoto,encyclopedia,genomes,富集分析,STRING,数据库构建,蛋白互作网络,Cytoscape,网络图,CytoHubba,插件,选关,生存分析,Kaplan,Meier,可视化展示,Coremine,Medical,互映,治疗作用,TCMSP,TCMID,中药化学成分,关键靶点,病毒生命周期,细胞外基质,染色质,共价修饰,生物功能,通路分析,人乳头瘤病毒感染,志贺菌,亨廷顿病,丝裂原活化蛋白激酶,mitogen,activated,kinase,MAPK,黏附连接,vinculin,VCL,不均一性,核糖,核蛋白,heterogeneous,nuclear,ribonucleoprotein,HNRNPL,泛素,饰物,small,ubiquitin,like,modifier,整合素,integrin,subunit,alpha,ITGA3,beta,ITGB5,黏结,结蛋白,蛋白聚糖,syndecan,SDC1,神经细胞黏附分子,neural,cell,adhesion,molecule,NCAM1,选得,夏枯草,金钱草,紫苏,赤芍,菟丝子,转化机制,多靶点,发生机制,治疗药物,参考方向,中药预测,生地黄
AB值：
0.477929
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