典型文献
秦艽WRKY转录因子家族生物信息学分析
文献摘要：
目的 利用生信技术分析秦艽WRKY家族,为进一步研究GmWRKY转录因子对秦艽次生代谢产物生物合成的分子调控机制提供信息.方法 基于秦艽转录组注释结果挖掘WRKY家族成员,通过NCBI-tBlastx和SMART保守结构域预测进一步筛选得到41条WRKY序列并进行生信分析.基于getorf预测开放阅读框(open reading frame,ORF)区,对41条序列的ORF片段进行MEME保守基序分析和ClustalW比对,采用MEGAX构建邻接法(neighbor-joining,NJ)系统发育树.利用Omicshare GO对41个WRKY成员进行富集分析,利用String进行WRKY成员蛋白互作网络预测分析.通过转录组FPKM值对GmWRKY成员的基因表达情况进行热图分析,并对蛋白互作核心成员进行基因相对表达分析.结果 41个秦艽WRKY成员中大部分成员的保守基序为"WRKYGQK",仅GmWRKY27保守基序发生氨基酸突变,为"WRKYGKK".依据WRKY特征结构域将41条序列的51个结构域分为3大类和8个亚类型,第Ⅰ大类为氮端(N)和碳端(C),第Ⅱ大类下设5个亚类型,以及第Ⅲ大类;此外,系统进化树可将 51 个 WRKY 结构域分成4 大组,Group Ⅰ[Ⅰ(N)]、GroupⅡ(Ⅱa+Ⅱb)、GroupⅢ[Ⅰ(C)+Ⅱc]、GroupⅣ(Ⅱd+Ⅱe 和Ⅲ),该结果与经典的WRKY家族分类特点基本一致.GO分析发现秦艽WRKY家族成员广泛参与代谢调控过程.当茉莉酸甲酯(jasmonic acid methyl ester,MeJA)诱导秦艽后,蛋白网络互作的核心成员GmWRKY1和GmWRKY17表达显著提高,推测这些WRKY成员与秦艽次生代谢产物的调控关系密切.结论 为进一步开展秦艽WRKY转录因子功能研究奠定基础.
文献关键词：
秦艽;WRKY转录因子;生物信息学;转录组分析;次生代谢产物
中图分类号：
作者姓名：
何懿菡;尹洋洋;胡伟;李铂;孙晓春;王楠;黄文静;岳正刚
作者机构：
陕西中医药大学陕西省中药资源产业化省部共建协同创新中心秦药资源研究开发国家重点实验室(培育),陕西咸阳 712046
文献出处：
引用格式：
[1]何懿菡;尹洋洋;胡伟;李铂;孙晓春;王楠;黄文静;岳正刚-.秦艽WRKY转录因子家族生物信息学分析)[J].中草药,2022(23):7499-7506
A类：
GmWRKY,tBlastx,getorf,ClustalW,GmWRKY27,WRKYGKK,GmWRKY1,GmWRKY17
B类：
秦艽,生物信息学分析,次生代谢产物,生物合成,分子调控机制,NCBI,SMART,保守结构域,域预测,选得,生信分析,开放阅读框,open,reading,frame,ORF,MEME,保守基序,MEGAX,邻接,接法,neighbor,joining,NJ,系统发育树,Omicshare,富集分析,String,蛋白互作网络,预测分析,FPKM,热图分析,核心成员,相对表达,表达分析,WRKYGQK,氨基酸突变,特征结构,亚类型,下设,及第,系统进化树,Group,a+,d+,家族分类,代谢调控,茉莉酸甲酯,jasmonic,acid,methyl,ester,MeJA,蛋白网络,功能研究,转录组分析
AB值：
0.331073
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