典型文献
通用引物高通量测序扩增GⅡ.4 Sydney[P31]型诺如病毒基因组及进化分析
文献摘要:
目的:分析2017至2020年我国诺如病毒流行株GⅡ.4 Sydney[P31]基因型的基因组以及变异情况。方法:利用通用引物初步建立GⅡ组诺如病毒基因组扩增方法,扩增GⅡ.4 Sydney[P31]株基因组,并应用高通量测序技术对其基因组测序,对GⅡ.4 Sydney[P31]株进行系统进化分析和关键位点分析。结果:利用初步建立的GⅡ组基因组扩增方法,8株GⅡ.4 Sydney[P31]株中,6株扩增成功并获得基因组序列。通过系统进化分析表明,本研究获得的自2017—2020年6株毒株和2015—2019年的GⅡ.4 Sydney[P31]参考株划为一簇,2013年我国毒株GZ20 133 135株与2012—2014年GⅡ.4 Sydney[P31]参考株划为一簇。血型抗原受体结合位点(HBGAs)分析表明2014年以后的毒株在Site Ⅱ发生了氨基酸突变Asp372Asn。通过抗原表位分析,2017年以后的毒株,在A表位(297、372和373)、B表位(333)、E表位(414)和H表位(309、310)都发生了变化;2020年的毒株20HN261和20HN253株在A表位(368)和G表位(355)较之前的毒株出现了新变化。结论:本研究确定了我国流行株GⅡ.4 Sydney[P31]基因组关键位点变异情况,跟踪新毒株的出现提供了科学依据,为针对我国流行株疫苗研发设计提供了基础数据。
文献关键词:
诺如病毒;基因组;系统进化分析
中图分类号:
作者姓名:
朱曦;王鹏飞;闫玉晓;章青;李慧莹;靳淼;段招军
作者机构:
中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所 国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室,北京 102206;上海吉玛制药技术有限公司,上海 201203;兰州大学第一临床医学院,上海 730000
文献出处:
引用格式:
[1]朱曦;王鹏飞;闫玉晓;章青;李慧莹;靳淼;段招军-.通用引物高通量测序扩增GⅡ.4 Sydney[P31]型诺如病毒基因组及进化分析)[J].中华实验和临床病毒学杂志,2022(01):15-20
A类:
GZ20,HBGAs,Asp372Asn,20HN261,20HN253
B类:
通用引物,Sydney,P31,诺如病毒,病毒基因组,基因型,变异情况,基因组扩增,增方,高通量测序技术,基因组测序,系统进化分析,关键位点,基因组序列,毒株,划为,一簇,血型抗原,抗原受体,结合位点,Site,氨基酸突变,抗原表位,较之,点变异,疫苗研发,研发设计
AB值:
0.224285
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