典型文献
应用2种RT-PCR方法检测和分析北京市市场销售牡蛎中诺如病毒基因特征
文献摘要：
目的:应用实时荧光RT-PCR和半巢式RT-PCR方法检测和分析牡蛎中诺如病毒的基因特征。方法:应用实时荧光RT-PCR和半巢式RT-PCR方法，对2014年11月至2015年10月北京市采集的新鲜市售牡蛎进行诺如病毒GⅠ/GⅡ组并联试验检测，分析检出率，应用符合率和一致性检验（Kappa值）对半巢式RT-PCR方法进行可靠性评价，应用半巢式RT-PCR方法扩增诺如病毒GⅠ/GⅡ衣壳蛋白区基因，对阳性产物进行测序。采用BioEdit 7.0.9.0软件进行序列比对、Mega 6.0软件构建进化树。结果:72份样品中，实时荧光RT-PCR、半巢式RT-PCR和并联试验的诺如病毒检出率分别为31.94%（23/72）、38.89%（28/72）和48.61%（35/72）。2种方法符合率为73.61%，中度一致（Kappa值=0.43）。测序成功13株诺如病毒，11株（7株GⅡ.17、2株GⅡ.4 Sydney_2012、1株GⅡ.1和1株GⅡ.21基因型）为2种RT-PCR方法检测诺如病毒阳性样本所得；2株（GⅡ.17和GⅡ.3基因型各1株）为半巢式RT-PCR方法检测诺如病毒阳性样本、实时荧光RT-PCR方法检测诺如病毒阴性样本所得。这些毒株与腹泻患者、环境污水和贝类水产品参考株的相似性为84.4%~100.0%。结论:用2种RT-PCR并联法检测牡蛎中诺如病毒，不仅能提高检出率还能获得更多基因型；牡蛎中诺如病毒毒株与人源、环境污水及贝类水产品参考毒株高度同源，应对经常接触牡蛎的人群及相关环境进行诺如病毒监测和防控。
文献关键词：
诺如病毒;实时荧光反转录聚合酶链式反应;半巢式反转录聚合酶链式反应;基因特征;牡蛎
中图分类号：
作者姓名：
严寒秋;王永全;崔海洋;靳博;高志勇;王全意
作者机构：
北京市疾病预防控制中心/北京市预防医学研究中心 食物中毒诊断溯源技术北京市重点实验室，北京 100013;北京市西城区疾病预防控制中心，北京 100120
文献出处：
引用格式：
[1]严寒秋;王永全;崔海洋;靳博;高志勇;王全意-.应用2种RT-PCR方法检测和分析北京市市场销售牡蛎中诺如病毒基因特征)[J].中华流行病学杂志,2022(01):92-97
A类：
实时荧光反转录聚合酶链式反应,半巢式反转录聚合酶链式反应
B类：
市场销售,牡蛎,病毒基因,基因特征,市售,试验检测,符合率,一致性检验,Kappa,可靠性评价,衣壳蛋白,白区,BioEdit,序列比对,Mega,软件构建,进化树,Sydney,基因型,病毒阳性,阳性样本,腹泻患者,环境污水,贝类,水产品,高检,多基因,病毒毒株,株高,诺如病毒监测
AB值：
0.246131
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
