典型文献
一株GⅠ.3[P13]型诺如病毒的全基因组序列分析
文献摘要：
诺如病毒(Norovirus,NoV)是人类非菌性急性肠胃炎的主要病原,GⅠ和GⅡ基因群在人类中流行较广,但对GⅠ群少有研究.为分析西安市2018年一株GⅠ型诺如病毒CHN/Xian/18N239的全基因组基因特征,本研究对某幼儿园急性肠胃炎病例肛拭子检出的一株GⅠ型诺如病毒,使用下一代测序方法对其全基因组测序,用Blastn比对和诺如病毒在线定型工具分析CHN/Xian/18N239的基因型,用MEGA-X对其进化分析,用Bioedit对其同源性、氨基酸变异和熵值进行计算,并用SWISS-MODEL和PyMOL2.3.2预测和可视化三维结构.CHN/Xian/18N239株全长7684 nt,开放阅读框(ORF) 1～3分别长5316 nt(84～5399 nt)、1635 nt(5383～7017 nt)和648 nt(7017～7664 nt),ORF1和ORF2的重叠区长17 nt.Blasm比对显示其与GⅠ.3[P13]型2019年中国台湾株(MN922738)核苷酸同源性最高(98.91％).系统进化分析表明其为GⅠ.3[P13]型,与韩国2017-2018年、中国台湾2018-2019年流行株核苷酸同源性为98.7％～99.3％.与参考序列U04469比,变异位点共75个,主要在P2区,其中在人外周血抗原结合位点Ⅱ 有1个,且在A-Loop、T-loop、U-loop和S-loop区的三维结构改变较大.VP2区熵值为0的位点最少,VP1区易突变位点最多.应加强对本地区诺如病毒分子型别监测,提高防控能力.
文献关键词：
诺如病毒;全基因组;GⅠ.3[P13];结构;熵值
中图分类号：
作者姓名：
李焱;张益;吴瑞;余鹏博;喻勇新;张辉;马超锋
作者机构：
西安市疾病预防控制中心病毒病检验科,西安710054;中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所,北京102206;陕西省疾病预防控制中心,西安710054;上海海洋大学食品学院,上海201306
文献出处：
引用格式：
[1]李焱;张益;吴瑞;余鹏博;喻勇新;张辉;马超锋-.一株GⅠ.3[P13]型诺如病毒的全基因组序列分析)[J].病毒学报,2022(01):106-114
A类：
18N239,Bioedit,PyMOL2,Blasm,MN922738,U04469
B类：
一株,P13,诺如病毒,全基因组序列分析,Norovirus,NoV,性急,急性肠胃炎,主要病原,中流,西安市,CHN,Xian,基因特征,幼儿园,肛拭子,下一代测序,全基因组测序,Blastn,基因型,MEGA,同源性,氨基酸变异,SWISS,MODEL,三维结构,全长,nt,开放阅读框,ORF1,ORF2,重叠区,区长,中国台湾,系统进化分析,参考序列,变异位点,人外周血,抗原结合,结合位点,Loop,loop,VP2,VP1,突变位点,型别,防控能力
AB值：
0.331524
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