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长沙市诺如病毒暴发疫情中G Ⅱ.2[P16]型全基因组分子进化特征分析
文献摘要：
目的 对长沙市2020年急性胃肠炎暴发疫情中诺如病毒GⅡ.2[P16]型进行全基因组序列测定以及遗传进化特征分析.方法 采集2020年诺如病毒暴发疫情标本,采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法扩增开放阅读框(ORF)1和ORF 2连接区进行分型鉴定.GⅡ.2[P16]型阳性标本在二代测序Miseq平台进行测序.测序结果进行序列比对及进化分析.结果 2020年本市共发生诺如病毒暴发疫情29起,共采集标本277份,阳性检出率为44.04％(122/277).分型鉴定发现诺如病毒G Ⅱ.2[P16]型占比45.08％(55/122).从疫情分布月份和机构来看,9-12月为暴发高峰,疫情发生在幼儿园和学校占比89.66％(26/29).对53份G Ⅱ.2[P16]型ORF1和ORF2连接区序列进行进化树分析发现毒株处于多个分支,序列之间的同源性为98.5％～100％.对4株GⅡ.2[P16]型全基因组序列进行同源性比较发现毒株之间的同源性为98.5％～99.5％,与GⅡ.2[P16]2016-2017(KY771081)毒株同源性为97.9％～98.2％,进化树处于不同亚分支.RdRp区域氨基酸位点发生T396A和T464A突变,HBGA结合位点保守未发生突变.结论 长沙地区诺如病毒暴发疫情中以GⅡ.2[P16]型突变株传播为主,毒株由GⅡ.2[P16]2016-2017持续传播进化而来,并进化为另一个分支.本地区暴发的诺如病毒疫情主要发生在学校以及幼托机构,应持续加强对诺如病毒的监测.
文献关键词：
诺如病毒;G Ⅱ.2[P16]型;全基因组序列;长沙市
中图分类号：
作者姓名：
欧新华;徐明忠;黄政;李灵之;肖姗;姚栋
作者机构：
湖南省长沙市疾病预防控制中心,湖南长沙410004
文献出处：
引用格式：
[1]欧新华;徐明忠;黄政;李灵之;肖姗;姚栋-.长沙市诺如病毒暴发疫情中G Ⅱ.2[P16]型全基因组分子进化特征分析)[J].中国热带医学,2022(05):445-449
A类：
KY771081,T396A,T464A
B类：
长沙市,诺如病毒,暴发疫情,P16,分子进化,进化特征,急性胃肠炎暴发,全基因组序列,序列测定,遗传进化,逆转录聚合酶链反应,增开,开放阅读框,连接区,分型鉴定,阳性标本,二代测序,Miseq,序列比对,进化分析,阳性检出率,疫情分布,幼儿园,ORF1,ORF2,进化树分析,毒株,行同,同源性比较,RdRp,氨基酸位点,HBGA,结合位点,长沙地区,突变株,播进,幼托机构,应持
AB值：
0.278586
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