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2020年深圳地区4株冠状病毒HCoV-NL63基因组特征分析
文献摘要：
目的 了解2020年深圳市冠状病毒HCoV-NL63全基因组序列的遗传特征和变异.方法 对HCoV-NL63核酸检测阳性的咽拭子标本进行全基因组测序、系统发生树重建和生物信息学分析.结果 获得4株HCoV-NL63全基因组序列,均属于B基因型B2亚型,株间核苷酸(氨基酸)同源性为99.80％～99.98％ (99.64％～99.93％),在进化树上处于同一分支,与广州2018年肺炎病人中获得的MK334046.1毒株距离最近.氨基酸变异分析表明结构蛋白中S、M蛋白变异性较大.与B基因型参考株对比发现,S蛋白中发现2处氨基酸位点变异:位于散发疫情毒株S1蛋白NTR区L196F和位于聚集性疫情毒株S2蛋白A946S.N-糖基化位点预测发现S蛋白N-糖基化位点有10个,M蛋白N-糖基化位点有2个.结论 本研究中的4株冠状病毒源自广州毒株的可能性大,在一定程度上可为HCoV-NL63防控工作提供生物学溯源依据.
文献关键词：
呼吸道感染;HCoV-NL63;全基因组测序;系统进化分析
中图分类号：
作者姓名：
阮嘉雯;胡鹏威;蒋潘虹;鞠长燕;刘楚云;袁梦;段永翔;陈辉;俞慕华
作者机构：
深圳市南山区疾病预防控制中心,深圳 518051;中山大学公共卫生学院,广州 510030
文献出处：
引用格式：
[1]阮嘉雯;胡鹏威;蒋潘虹;鞠长燕;刘楚云;袁梦;段永翔;陈辉;俞慕华-.2020年深圳地区4株冠状病毒HCoV-NL63基因组特征分析)[J].中国人兽共患病学报,2022(01):35-41
A类：
MK334046,L196F,A946S
B类：
深圳地区,HCoV,NL63,基因组特征,全基因组序列,遗传特征,核酸检测,咽拭子,全基因组测序,系统发生树,生物信息学分析,基因型,B2,同源性,进化树,树上,毒株,株距,氨基酸变异,变异分析,结构蛋白,变异性,氨基酸位点,点变异,S1,NTR,聚集性疫情,S2,糖基化位点,点预测,病毒源,防控工作,呼吸道感染,系统进化分析
AB值：
0.292576
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