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高通量测序在南京地区一起诺如病毒暴发中的应用
文献摘要：
目的:对南京地区某高校一起GII.2[P16]引起的急性胃肠炎暴发疫情进行分子流行病学研究，为本地疫情控制和处置提供科学依据。方法:对暴发中采集到的样本进行荧光定量PCR鉴定诺如病毒，一步法RT-PCR扩增和一代测序，对部分阳性样本用通用引物进行高通量测序。结果:96份样本共检出13份GII阳性，其中8份一代测序结果为GII.2[P16]，同源性达99.6%~100%，与2016—2020年参考株在同一分支上，推断此次疫情传染源为同一来源，且与2016年以后全球流行株同源性较高。取6份阳性样本用通用引物进行高通量测序，获得4株GII.2[P16]全基因组序列（2株学生患者A、E和2株无症状厨师G）。进化树显示厨师G第三次采样结果与厨师G第一次采样和学生患者结果存在一定距离。厨师G两条全基因组序列共有4处发生碱基替换，其中在6 221 bp处发生非同义突变，其余位置均为同义突变。VP1区381氨基酸残基处，即主要HBGA位点II旁，发生氨基酸改变（D381N）。结论:鉴于此次研究在一起暴发的无症状厨师中检出诺如病毒，且宿主体内持续排毒会导致碱基突变，建议在诺如病毒流行期间（10月至次年3月），加强对无症状食品处理人员诺如病毒监测。
文献关键词：
诺如病毒;急性胃肠炎;暴发;基因型别
中图分类号：
作者姓名：
王璇;斯佳丽;龚红瑾;程婷婷;丁洁
作者机构：
南京市疾病预防控制中心微生物检验科 210003;南京市疾病预防控制中心中心办公室 210003
文献出处：
引用格式：
[1]王璇;斯佳丽;龚红瑾;程婷婷;丁洁-.高通量测序在南京地区一起诺如病毒暴发中的应用)[J].国际病毒学杂志,2022(06):473-476
A类：
D381N
B类：
南京地区,GII,P16,急性胃肠炎暴发,暴发疫情,分子流行病学,流行病学研究,本地疫情,疫情控制,一步法,一代测序,阳性样本,通用引物,共检出,同源性,传染源,一来,全基因组序列,无症状,厨师,进化树,第三次,bp,非同,同义突变,余位,VP1,氨基酸残基,HBGA,宿主,排毒,碱基突变,流行期间,次年,诺如病毒监测,基因型别
AB值：
0.291081
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