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石榴ZF-HD基因家族鉴定与分析
文献摘要：
通过对石榴(Punica granatum)全基因组的研究,鉴定了 ZF-HD基因家族,以深入了解其基因功能.基于系统的生物信息学分析,共鉴定15个PgZF-HD基因,编码蛋白质的氨基酸数量在98～365个,PgZF-HD03和PgZF-HD04为酸性蛋白质,其余的家族成员均为碱性蛋白质,所有家族成员均为不稳定的亲水性蛋白质,超过70％的蛋白质定位在细胞核上.二级结构中,β-折叠所占比例最低,无规则卷曲所占比例最高.系统进化树分析将15个PgZF-HD基因分成5类,分别为ZF-HD Ⅰ、ZF-HDⅡ、ZF-HD Ⅲ、ZF-HD V和MIF,ZF-HD Ⅲ类别中包含了最多的PgZF-HD成员,没有PgZF-HD基因被归到ZF-HDⅣ类别中.基因结构和保守基序分析发现,motif2和motif4高度保守且均含有多个高度保守的活性位点,ZF-HD Ⅱ类别中motif数量最多,motif8只在ZF-HD Ⅰ类别的基因中被鉴定到.大部分PgZF-HD基因只有1个外显子,基因结构简单,同一类别的基因具有相似的保守基序和基因结构.染色体定位和基因复制分析发现,15个PgZF-HD基因不均匀地分布在石榴的8条染色体上,鉴定到3对基因存在大片段复制事件,不存在串联重复事件.启动子分析表明,PgZF-HD基因在植物激素响应、生长发育和逆境胁迫响应等方面均发挥重要作用.
文献关键词：
石榴;ZF-HD;生物信息学;启动子分析;基因复制事件
中图分类号：
作者姓名：
付鸿博;李杰;杨永超;袁盛勇
作者机构：
红河学院生物科学与农学学院,云南省高校滇南特色生物资源研究与利用重点实验室,云南蒙自661199
文献出处：
引用格式：
[1]付鸿博;李杰;杨永超;袁盛勇-.石榴ZF-HD基因家族鉴定与分析)[J].河南农业科学,2022(06):119-125
A类：
PgZF,HD03,HD04
B类：
石榴,基因家族鉴定,Punica,granatum,全基因组,基因功能,生物信息学分析,编码蛋白,亲水性,蛋白质定位,细胞核,二级结构,折叠,无规则,卷曲,系统进化树分析,MIF,归到,基因结构,保守基序,motif2,motif4,活性位点,motif8,外显子,结构简单,染色体定位,大片,启动子分析,植物激素,激素响应,逆境胁迫响应,基因复制事件
AB值：
0.231535
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