典型文献
谷子GRAS家族全基因组鉴定及表达分析
文献摘要：
GRAS转录因子在植物生长发育、抗逆性、抗病原菌和激素信号传导途径中具有重要的生物学功能.为探究GRAS家族基因在谷子中的作用,通过HMMER和Blast比对筛选出谷子该家族的候选基因,利用生物信息学软件对其进行基因定位、系统发育进化树、结构域、保守基序、基因表达、亚细胞定位、顺式作用元件分析.结果共鉴定出60个SiGRAS基因,呈不均等分布于8条染色体(除6号染色体外)上,其中,9号染色体上基因数目最多.SiGRAS编码295～1394个氨基酸,理论等电点范围4.87～9.53,多为亲水性蛋白,定位于细胞质、细胞核、叶绿体基质.系统进化树结果显示,60个SiGRAS家族基因分为12个亚族,其中,SiGRAS50与拟南芥亲缘关系更近,SiGRAS6与OsGRAS15基因同源,推测SiGRAS6在调控赤霉素信号转导方面发挥作用.所有的SiGRAS家族蛋白均含有保守的GRAS结构域,含有光、赤霉素、水杨酸、脱落酸等响应的顺式作用元件,仅SiGARS50的N端含有DELLA结构域,SiGAR43的C端含有NB-ARC结构域.基因差异表达分析表明,SiGRAS50在茎中特异性高表达,SiGRAS6在茎、叶中高表达,其他基因的表达量相对较低或不表达.综上可见,SiGRAS家族可能在参与谷子生长发育、提高抗逆性及植物免疫方面发挥作用.
文献关键词：
谷子;GRAS;全基因组;生物信息学;表达分析
中图分类号：
作者姓名：
刘浩瑞;徐寅楠;任雪梅
作者机构：
山西农业大学 生命科学学院,山西 太谷 030801
文献出处：
引用格式：
[1]刘浩瑞;徐寅楠;任雪梅-.谷子GRAS家族全基因组鉴定及表达分析)[J].山西农业科学,2022(07):917-926
A类：
SiGRAS,SiGRAS50,SiGRAS6,OsGRAS15,SiGARS50,SiGAR43
B类：
谷子,全基因组鉴定,植物生长发育,抗逆性,激素信号传导,传导途径,生物学功能,家族基因,HMMER,Blast,比对筛选,候选基因,利用生物,生物信息学软件,基因定位,系统发育进化树,结构域,保守基序,亚细胞定位,顺式作用元件,等电点,亲水性,细胞质,细胞核,叶绿体,系统进化树,拟南芥,亲缘关系,赤霉素,信号转导,水杨酸,脱落酸,DELLA,NB,ARC,基因差异表达,差异表达分析,高抗,植物免疫
AB值：
0.272089
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