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甜橙NHX基因家族的鉴定及功能分析
文献摘要：
Na+/H+逆向转运(Na+/H+exchange or antiporter,NHX)蛋白家族的氨基酸序列具有Na+/H+exchange蛋白结构域,在植物生长发育和非生物胁迫应答中发挥重要作用.为探究甜橙(Citrus sinensis)NHX基因家族的生物学特性,本研究从甜橙基因组中鉴定出6个NHX基因家族成员,并对其理化性质、基序组成、进化关系、表达谱等进行分析.结果显示,CsNHXs编码蛋白的长度为407～543个氨基酸,分子量为44.71～59.97 ku;所有CsNHXs非均匀地分布在5条染色体上,均具有保守的Na+/H+exchange结构域;蛋白质二级结构分析结果表明,甜橙NHX蛋白主要以α-螺旋和无规则卷曲为主.与拟南芥(Arabidopsis thaliana)、水稻(Oryza sativa)的NHX蛋白一起构建的系统进化树聚类为3个亚群,甜橙NHX蛋白分布在Endo和Vac亚群中.顺式作用元件预测分析结果表明,CsNHXs启动子区域包含多个植物的生长发育响应元件、激素响应元件和逆境响应元件.转录组数据分析结果表明,CsNHXs在甜橙不同组织中的表达存在差异性,总体上分为特异性表达和普遍性表达.本研究系统分析了甜橙NHX基因家族,为进一步阐明甜橙NHX基因家族的功能提供了理论依据.
文献关键词：
甜橙;NHX基因家族;生物信息学;基因表达;顺式作用元件
中图分类号：
作者姓名：
杨杰;陈蓉;胡文娟;吴巧玲;佟晓楠;李兴涛;陈健美
作者机构：
赣南师范大学生命科学学院,江西赣州341000;国家脐橙工程技术研究中心,江西赣州341000
文献出处：
引用格式：
[1]杨杰;陈蓉;胡文娟;吴巧玲;佟晓楠;李兴涛;陈健美-.甜橙NHX基因家族的鉴定及功能分析)[J].江苏农业科学,2022(07):35-42
A类：
H+exchange,CsNHXs
B类：
甜橙,基因家族,功能分析,Na+,逆向转运,antiporter,白家,氨基酸序列,蛋白结构域,植物生长发育,非生物胁迫,胁迫应答,Citrus,sinensis,生物学特性,基序,进化关系,表达谱,编码蛋白,分子量,ku,非均匀,蛋白质二级结构,无规则,卷曲,拟南芥,Arabidopsis,thaliana,水稻,Oryza,sativa,系统进化树,亚群,Endo,Vac,顺式作用元件,预测分析,启动子区域,响应元,激素响应,逆境响应,转录组数据,不同组织,特异性表达,研究系统
AB值：
0.297392
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