典型文献
小麦衰老相关基因TaSAG39的生物信息学及表达模式分析
文献摘要：
半胱氨酸蛋白酶是蛋白质降解过程中的一类水解酶,参与植物的衰老与成熟,在植物生长发育过程中发挥重要作用.基于前期得到的小麦衰老阶段转录组数据中筛选到一个衰老特异的半胱氨酸蛋白酶(SAG39),为了研究TaSAG39基因在小麦衰老过程中发挥的作用,采用生物信息学分析方法和实时荧光定量(qRT-PCR)技术对TaSAG39的基因结构和表达模式进行分析.结果表明,其氨基酸序列与小麦祖先种节节麦、野生二粒小麦以及硬粒小麦亲缘关系最近,含有木瓜蛋白酶亚家族特有的活性位点Cys-His-Asn以及EFNIN结构.TaSAG39-5A、TaSAG39-5B、TaSAG39-5D基因组全长分别为1455,1435,1439 bp,编码序列长分别为1041,1050,1038 bp,均含2个外显子和1个内含子;其编码的蛋白分别由346,349,345个氨基酸组成,分子质量约37 ku,等电点5.53～5.67,为稳定的带负电的亲水性蛋白;主要构成元件为无规则卷曲和α-螺旋,在蛋白质N段含有信号肽,具有保守的Inhibitor_I29和Pepti-dase_C1结构域,含有35～37个磷酸化位点,其中以丝氨酸磷酸化位点和苏氨酸磷酸化位点为主.TaSAG39蛋白可能与半胱氨酸蛋白酶抑制剂以及14-3-3蛋白互作,该基因启动子中含有脱落酸、茉莉酸甲酯、生长素、光、干旱、低温以及胁迫响应等有关的顺式作用元件.qRT-PCR结果证实,TaSAG39基因受自然衰老、黑暗、干旱、茉莉酸甲酯、高温、生长素诱导表达,在自然衰老过程中基因的诱导表达最为显著.
文献关键词：
小麦;TaSAG39;半胱氨酸蛋白酶;生物信息学分析;表达模式
中图分类号：
作者姓名：
孙丽丽;晋秀娟;赵锴;Md Ashraful Islam;卢娟;王曙光;孙黛珍
作者机构：
山西农业大学 农学院,山西 太谷 030801;省部共建有机旱作农业国家重点实验室,山西 太原 030031
文献出处：
引用格式：
[1]孙丽丽;晋秀娟;赵锴;Md Ashraful Islam;卢娟;王曙光;孙黛珍-.小麦衰老相关基因TaSAG39的生物信息学及表达模式分析)[J].华北农学报,2022(02):18-27
A类：
TaSAG39,SAG39,EFNIN,I29,Pepti
B类：
衰老相关基因,表达模式分析,蛋白质降解,降解过程,水解酶,植物生长发育,转录组数据,衰老过程,生物信息学分析,qRT,基因结构,氨基酸序列,祖先,节节麦,野生二粒小麦,硬粒小麦,亲缘关系,木瓜蛋白酶,亚家族,活性位点,Cys,His,Asn,5A,5B,5D,基因组全长,bp,编码序列,外显子,内含子,氨基酸组成,分子质量,ku,等电点,负电,亲水性,无规则,卷曲,信号肽,Inhibitor,dase,C1,结构域,磷酸化,丝氨酸,苏氨酸,半胱氨酸蛋白酶抑制剂,蛋白互作,基因启动子,脱落酸,茉莉酸甲酯,生长素,胁迫响应,顺式作用元件,自然衰老,黑暗,诱导表达
AB值：
0.321822
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