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高粱GATA基因家族的全基因组鉴定及表达分析
文献摘要：
本研究利用生物信息学方法对高粱GATA基因家族成员进行全基因组鉴定和分析,以期为其基因功能研究奠定基础.结果表明,在高粱基因组中共鉴定到30个GATA基因,不均匀地分布在8条染色体上,2号和7号染色体无分布;26个基因含有CX2 CX18 CX2 C保守基序,SbGATA3、SbGATA4、SbGATA18和SbGATA30含有CX2 CX20 CX2 C保守基序;进化树分析表明,高粱GATA基因家族可分为4组,分别包含15、9、4、2个基因,同一组内的成员保守锌指结构域蛋白序列一致性更高,基因结构和保守基序高度相似;高粱GATA蛋白与单子叶植物玉米和谷子的同源性大于双子叶植物拟南芥;顺式调控元件分析发现,SbGATA启动子序列中存在调控生长发育、激素信号传导和逆境胁迫响应元件,检测到光响应元件G-box、脱落酸响应元件ABRE、茉莉酸甲酯响应元件CGTCA-motif和厌氧诱导响应元件ARE数量最多,另外检测到低温响应元件LTR和干旱诱导性元件MBS.表达分析表明,SbGATA16、SbGATA9、SbGATA25和SbGATA20在多数组织中表达量均较高.模拟干旱处理高粱GATA基因转录组数据分析发现,SbGATA11和SbGATA26上调表达,说明这两个基因可能在干旱胁迫响应中发挥重要作用.
文献关键词：
高粱;GATA基因家族;全基因组鉴定;系统发育;表达分析
中图分类号：
作者姓名：
宋迎辉;朱灿灿;代书桃;秦娜;王春义;张真;李君霞;平西栓
作者机构：
河南省农业科学院粮食作物研究所,河南 郑州 450002;洛宁县农业技术推广服务中心,河南 洛宁 471700;河南省农业技术推广总站,河南 郑州 450002
文献出处：
引用格式：
[1]宋迎辉;朱灿灿;代书桃;秦娜;王春义;张真;李君霞;平西栓-.高粱GATA基因家族的全基因组鉴定及表达分析)[J].山东农业科学,2022(08):14-23
A类：
CX2,CX18,SbGATA3,SbGATA4,SbGATA18,SbGATA30,CX20,SbGATA,SbGATA16,SbGATA9,SbGATA25,SbGATA20,SbGATA11,SbGATA26
B类：
高粱,基因家族,全基因组鉴定,表达分析,研究利用,利用生物,生物信息学方法,基因功能,功能研究,无分,保守基序,进化树分析,锌指,结构域,序列一致性,基因结构,单子叶植物,谷子,同源性,双子叶,拟南芥,顺式调控元件,启动子序列,激素信号传导,逆境胁迫响应,响应元,光响应,box,脱落酸,ABRE,茉莉酸甲酯,CGTCA,motif,厌氧,氧诱导,ARE,外检测,低温响应,LTR,干旱诱导,诱导性,MBS,数组,组织中表达,旱处理,基因转录,转录组数据,干旱胁迫响应,系统发育
AB值：
0.282666
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