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谷子SHR基因的全基因组鉴定与表达分析
文献摘要：
植物SHR蛋白参与调控植物生长发育中的多种代谢过程,尤其对根辐射形态的形成有很大影响.为了了解谷子中SHR基因在生长发育中的功能,参照拟南芥AtSHR基因序列,筛选并鉴定谷子中的SHR基因,并对其进行生物信息学分析,在此基础上对其在谷子中的表达模式进行分析.结果显示,谷子中有2个SHR基因,其中,SiSHR1位于9号染色体,CDS全长1908 bp,编码635个氨基酸,SiSHR2位于2号染色体,CDS全长1785 bp,编码594个氨基酸;2个SiSHR蛋白均为不稳定的酸性亲水蛋白;SiSHR蛋白的二级结构组成大部分为无规则卷曲与α-螺旋,有少部分β-折叠和延长链.SiSHR基因只含有1个外显子,与水稻的OsSHR亲缘关系更近,且均含有10个保守motif基序,SiSHR基因的启动子区含有光、激素(GA、ABA、生长素、水杨酸)等响应元件,SiSHR蛋白与CYCLIN、C2H2、SCL、SHBY、WOX蛋白互作,其中与SCL蛋白的互作方式为共表达;SiSHR基因在谷子中的表达模式呈时空特异性,SiSHR1/SiSHR2基因在谷子的根中有最高的表达,且在苗期的表达量高于灌浆期;SiSHR基因在谷子叶片中也有较高的相对表达量,且苗期表达量高于灌浆期.SiSHR基因可能通过应答GA、生长素和ABA信号途径,及蛋白互作的方式参与调控谷子叶片的发育及根的形态建成.
文献关键词：
谷子;SHR蛋白;理化性质;蛋白结构;表达模式
中图分类号：
作者姓名：
李露露;李艳芬;尹美强;赵娟;原向阳;温银元
作者机构：
山西农业大学 农学院,山西 太谷 030801
文献出处：
引用格式：
[1]李露露;李艳芬;尹美强;赵娟;原向阳;温银元-.谷子SHR基因的全基因组鉴定与表达分析)[J].山西农业科学,2022(06):809-815
A类：
AtSHR,SiSHR1,SiSHR2,SiSHR,OsSHR,SHBY
B类：
谷子,全基因组鉴定,表达分析,白参,植物生长发育,代谢过程,了了,拟南芥,基因序列,生物信息学分析,表达模式,CDS,全长,bp,亲水,二级结构,结构组成,无规则,卷曲,少部分,折叠,长链,外显子,水稻,亲缘关系,motif,基序,启动子区,GA,ABA,生长素,水杨酸,响应元,CYCLIN,C2H2,SCL,WOX,蛋白互作,共表达,时空特异性,苗期,灌浆期,子叶,相对表达量,信号途径,形态建成,蛋白结构
AB值：
0.301085
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