典型文献
'月月粉'月季NAC家族全基因组鉴定及皮刺发育相关成员的筛选
文献摘要：
[目的]从'月月粉'月季全基因组中鉴定NAC家族成员,并进行生物信息学和表达模式分析,为研究'月月粉'NAC的潜在功能提供理论基础,筛选可能参与皮刺发育的候选基因.[方法]以拟南芥NAC氨基酸序列为参考,利用双向Blast及HMM结构域检索筛选RcNAC;对筛选成员进行理化性质、亚细胞定位、序列特征、顺式元件和系统进化分析;基于已释放转录组数据,分析RcNAC在不同组织器官,和不同逆境处理条件下的表达特性;同时通过'月月粉'不同发育阶段皮刺组织转录组测序,筛选与皮刺发育可能相关的RcNAC.[结果]共鉴定得到116个RcNACs,均含有完整典型的NAM保守结构域,其编码蛋白包含69-713个氨基酸,等电点从4.43-9.54,分子质量从7.87-79.99 kD,81个RcNACs被预测定位于细胞核内;115个RcNACs在7条染色体上不均匀分布,1个RcNAC未明确位置信息;系统进化树分析将AtNACs、OsNACs和RcNACs聚为21类;在不同组织器官中,116个RcNACs表达模式各异,遭受水胁迫和感染灰霉病之后,31个RcNACs表达量发生变化;在衰老的花组织中,6个RcNACs表达量上升;皮刺转录组数据中检测到53个RcNACs,其中26个RcNACs为差异表达基因.[结论]基于已有转录组数据分析,RcNACs协同调控植物组织发育及逆境胁迫响应;结合皮刺转录组数据,部分成员可能参与皮刺细胞增殖、次生细胞壁生物合成及细胞程序性死亡等过程,可作为皮刺发育相关候选基因进行深入研究.
文献关键词：
’月月粉’;NAC转录因子;转录组测序;皮刺发育
中图分类号：
作者姓名：
由玉婉;张雨;孙嘉毅;张蔚
作者机构：
华中农业大学园艺林学学院/园艺植物生物学教育部重点实验室/农业农村部华中都市农业重点实验室,武汉430070
文献出处：
引用格式：
[1]由玉婉;张雨;孙嘉毅;张蔚-.'月月粉'月季NAC家族全基因组鉴定及皮刺发育相关成员的筛选)[J].中国农业科学,2022(24):4895-4911
A类：
皮刺发育,RcNAC,RcNACs,AtNACs,OsNACs
B类：
月季,全基因组鉴定,表达模式分析,候选基因,拟南芥,氨基酸序列,Blast,HMM,选成,亚细胞定位,序列特征,顺式,系统进化分析,转录组数据,不同组织,组织器官,处理条件,表达特性,发育阶段,转录组测序,NAM,保守结构域,编码蛋白,白包,等电点,分子质量,kD,细胞核,不均匀分布,位置信息,系统进化树分析,灰霉病,衰老,差异表达基因,协同调控,植物组织,逆境胁迫响应,刺细胞,次生细胞壁,生物合成,细胞程序性死亡
AB值：
0.245165
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