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大白菜LEA家族基因的鉴定及其部分成员在低温胁迫下的表达分析
文献摘要：
基于大白菜全基因组数据对LEA家族基因进行全基因组鉴定与生物信息学分析,研究其序列特征、基因结构、启动子顺式作用元件、染色体定位、进化关系以及在不同组织中和低温胁迫下的表达模式.从大白菜基因组中总共鉴定出65个LEA家族基因成员,根据系统发育与保守基序分析,其可分为8个组;内含子较少,且不均匀地分布在10条染色体上,另有3个成员位于Scaffold上.启动子顺式作用元件分析显示,有29个(44.6％)成员拥有低温响应元件,除此之外,光响应元件和激素响应元件占比较高.共线性分析显示,大白菜BrLEA与拟南芥AtLEA同源性较高,并在进化中较为保守.大白菜不同组织转录组数据表明,BrLEA基因在大白菜不同组织中的表达存在组织特异性.对筛选出的13个家族成员进行低温胁迫表达分析表明,受低温胁迫表达量都有所升高.
文献关键词：
大白菜;LEA基因家族;低温胁迫;生物信息学
中图分类号：
作者姓名：
王光鹏;刘同坤;徐新凤;李竹帛;高瞻远;侯喜林
作者机构：
南京农业大学,作物遗传与种质创新国家重点实验室,农业农村部华东地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室,园艺作物种质创新与利用教育部工程研究中心,南京210095
文献出处：
引用格式：
[1]王光鹏;刘同坤;徐新凤;李竹帛;高瞻远;侯喜林-.大白菜LEA家族基因的鉴定及其部分成员在低温胁迫下的表达分析)[J].园艺学报,2022(02):304-318
A类：
BrLEA,AtLEA
B类：
大白菜,家族基因,低温胁迫,表达分析,基因组数据,全基因组鉴定,生物信息学分析,序列特征,基因结构,启动子,顺式作用元件,染色体定位,进化关系,不同组织,表达模式,总共,系统发育,保守基序,内含子,Scaffold,低温响应,响应元,除此之外,光响应,激素响应,共线性分析,拟南芥,同源性,转录组数据,组织特异性,基因家族
AB值：
0.257029
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