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基于小RNA测序的风轮菜microRNA及其靶基因分析
文献摘要：
本研究以风轮菜(Clinopodium chinense(Benth.)O.Kuntze)为材料,采用BGISEQ-500测序平台对风轮菜根、茎和叶的小RNA进行转录组测序,并对其黄酮类物质合成途径中参与调控的microRNA(miRNA)及其靶基因进行了分析.结果显示,鉴定出的保守miRNA有86个,属于26个家族,新发现miRNA 8个,筛选出风轮菜黄酮类物质合成途径中调控3个关键酶的候选miRNA(novel_mir3、miR167d-5p、miR396h).通过对靶基因编码的关键酶4-香豆酸辅酶A连接酶进行序列分析和同源建模,发现其具有高度保守的底物结合区域、催化结构域及两个保守的肽基序.
文献关键词：
风轮菜;转录组测序;miRNA;黄酮;4-香豆素辅酶A连接酶
中图分类号：
作者姓名：
许景垚;单春苗;单婷玉;赵历强;马克龙;吴家文
作者机构：
安徽中医药大学研究生院, 合肥230012;安徽中医药大学科研实验中心, 新安医学教育部重点实验室,合肥230038;安徽中医药大学中西医结合临床学院, 合肥230012;安徽道地中药材品质提升协同创新中心, 合肥230012;安徽省中医药科学院, 合肥230012
文献出处：
引用格式：
[1]许景垚;单春苗;单婷玉;赵历强;马克龙;吴家文-.基于小RNA测序的风轮菜microRNA及其靶基因分析)[J].植物科学学报,2022(02):216-228
A类：
Clinopodium,mir3,miR167d,miR396h
B类：
风轮菜,microRNA,靶基因分析,chinense,Benth,Kuntze,BGISEQ,测序平台,菜根,转录组测序,黄酮类物质,合成途径,miRNA,新发现,关键酶,novel,5p,对靶,基因编码,香豆酸,辅酶,连接酶,序列分析,同源建模,底物,催化结构域,肽基,基序,香豆素
AB值：
0.372599
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