典型文献
杉木NAC基因家族基因的鉴定及生物信息学分析
文献摘要：
[目的]为了完善杉木NAC基因家族的生信机制以及探索基因潜在功能,促进杉木基因改良育种与提高生产效率.[方法]本研究从搜集到的杉木转录组测序数据库中筛选鉴定得到杉木NAC基因,并对其进行生物信息学分析,具体包括蛋白的理化性质、结构域预测、基因进化树分析和cln-miR164靶基因的预测分析等.[结果]杉木NAC转录因子家族含有45个成员,将其命名为Cl-NAC1～Cl-NAC45,预测所得CDS序列长度在156～3033 bp之间,由51～1010个氨基酸残基构成,结构域分析得出Cl-NACs蛋白除了长度不足的序列,所有的NAC蛋白都具有A、B、C、D、E 5个亚结构域,并且位置一致.保守域预测可得不同亚家族7个保守结构域的位置和长度有所不同.大部分Cl-NACs基因与挪威云杉NAC基因序列相似度明显大于拟南芥.通过进化树分析,不同Cl-NACs蛋白分布在10个亚家族中ATAF亚家族中的Cl-NAC45可能与逆境胁迫相关,NAM亚家族中的Cl-NAC1、Cl-NAC33、Cl-NAC34和Cl-NAC35基因都有可能具有调节杉木生长发育的作用;此外通过psRNATarget预测Cl-NAC33和Cl-NAC35为cln-miR164的靶基因,可能受其调控,参与非生物胁迫响应途径.[结论]杉木NAC基因鉴定获得45个,共可分为10个亚家族,不同的亚家族具有不同的理化性质、蛋白质结构、进化模式.对不同亚家族的基因功能进行初步推测,上述7个基因可能为杉木生长发育中的关键基因,需进一步研究验证其功能,为后续研究Cl-NACs基因对杉木生长发育、抗逆性功能奠定了基础.
文献关键词：
杉木;NAC基因家族;鉴定;生物学信息分析
中图分类号：
作者姓名：
高文杰;刘娇;马祥庆;帅鹏
作者机构：
福建农林大学 林学院,福建 福州 350002
文献出处：
引用格式：
[1]高文杰;刘娇;马祥庆;帅鹏-.杉木NAC基因家族基因的鉴定及生物信息学分析)[J].中南林业科技大学学报,2022(02):108-118
A类：
cln,NAC1,NAC45,NAC33,NAC34,NAC35
B类：
杉木,基因家族,家族基因,生物信息学分析,生信,改良育种,转录组测序,序数,筛选鉴定,域预测,基因进化树,进化树分析,miR164,靶基因,预测分析,Cl,CDS,bp,氨基酸残基,基构,NACs,亚结构,亚家族,保守结构域,挪威,云杉,基因序列,拟南芥,ATAF,逆境胁迫,NAM,psRNATarget,非生物胁迫,胁迫响应,基因鉴定,蛋白质结构,基因功能,关键基因,抗逆性,性功能,生物学信息分析
AB值：
0.267458
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