典型文献
北美鹅掌楸LtuHMGS基因的克隆与生物信息学分析
文献摘要：
[目的]研究北美鹅掌楸LtuHMGS基因的结构特性、亚细胞定位及表达模式,为从分子水平探究北美鹅掌楸萜类合成途径提供理论基础.[方法]从北美鹅掌楸转录组数据库中鉴定出一条HMGS基因序列,采用RACE技术克隆其全长cDNA,将其命名为LtuHMGS.对LtuHMGS基因的ORF进行生物信息学分析,探究其理化性质及与同源基因的系统进化关系;利用烟草瞬时转化系统对LtuHMGS基因编码蛋白进行亚细胞定位;采用RT-qPCR技术分析LtuHMGS基因在北美鹅掌楸的组织表达谱.[结果]LtuHMGS基因的ORF全长1425 bp,共编码474个氨基酸,蛋白质分子式为C2340H3608N614O721S24,分子量为52.65 kD,α-螺旋为其氨基酸序列的主要二级结构且该蛋白不含信号肽和跨膜区域,是一种非分泌型蛋白.对LtuHMGS蛋白的保守结构域预测分析发现其氨基酸序列含有羟甲基戊二酰辅酶A合酶保守结构域,亚细胞定位表明LtuHMGS蛋白可能更多地存在于细胞质膜中.同源序列比对和系统进化树分析表明,北美鹅掌楸LtuHMGS蛋白序列与其他物种的序列高度相似且与樟科的沉水樟和山鸡椒的HMGS蛋白的进化关系更近.RT-qPCR结果发现,LtuHMGS基因在北美鹅掌楸雌蕊中的表达量远高于其他组织.[结论]从北美鹅掌楸中克隆得到1条编码羟甲基戊二酰辅酶A合酶的候选基因(LtuHMGS),该基因可能参与北美鹅掌楸萜类物质的合成,是研究北美鹅掌楸萜类合成机制的关键酶基因之一.
文献关键词：
北美鹅掌楸;LtuHMGS基因;基因克隆;生物信息学分析;亚细胞定位;RT-qPCR
中图分类号：
作者姓名：
张成阁;戈瑶瑶;刘换换;宗亚仙;吴栩佳;杨立春;李火根
作者机构：
南京林业大学 林木遗传与生物技术教育部重点实验室,江苏南京 210037;南京林业大学南方现代林业创新中心,江苏南京 210037;南京林业大学 林学院,江苏南京 210037
文献出处：
引用格式：
[1]张成阁;戈瑶瑶;刘换换;宗亚仙;吴栩佳;杨立春;李火根-.北美鹅掌楸LtuHMGS基因的克隆与生物信息学分析)[J].中南林业科技大学学报,2022(01):146-155
A类：
LtuHMGS,C2340H3608N614O721S24
B类：
北美鹅掌楸,生物信息学分析,结构特性,亚细胞定位,表达模式,分子水平,萜类合成,合成途径,转录组数据,基因序列,RACE,全长,cDNA,ORF,同源基因,进化关系,烟草,瞬时转化,转化系统,基因编码,编码蛋白,qPCR,组织表达谱,bp,分子式,分子量,kD,氨基酸序列,二级结构,信号肽,非分,分泌型蛋白,保守结构域,域预测,预测分析,辅酶,细胞质,质膜,序列比对,系统进化树分析,樟科,沉水樟,山鸡椒,雌蕊,他组织,候选基因,萜类物质,合成机制,关键酶基因,基因克隆
AB值：
0.238515
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