典型文献
镉胁迫下梭鱼草叶片转录组测序及苯丙烷代谢途径相关基因挖掘
文献摘要：
为揭示苯丙烷代谢途径参与梭鱼草防御重金属胁迫的作用机制,分析镉(Cd)胁迫下梭鱼草叶片转录组序列,将其与NR、NT、PFAM、KOG、Swiss Prot、KEGG和GO公共数据库进行比对注释,并对差异表达基因进行趋势化分析,同时从中挖掘与苯丙烷代谢途径相关的差异表达基因.结果表明:(1)共获得221392个unigenes,其中170175个unigenes被注释到数据库,6506个unigenes被注释到31条次生代谢通路;(2)将梭鱼草叶片unigenes与Swiss-Prot和Nr数据库进行比对,共得到168355条CDS序列,Estscan软件预测得到84673条序列;(3)对检测到的20025个差异表达基因进行趋势分析,发现有3个显著的基因表达模式,包括2个下调表达模式(Cluster 0:2631个基因,Cluster 1:3153个基因)和1个上调表达模式(Cluster 5:3733个基因);(4)进一步挖掘转录组数据发现,在6_0 h和48_0 h组中,梭鱼草叶片中共有26个差异表达的基因被鉴定出来,分别编码3个苯丙烷代谢公共途径关键酶,5个木质素生物合成关键酶和7个黄酮类化合物生物合成关键酶.梭鱼草通过调控愈创木基木质素的生物合成和上调肉桂酸-4-羟化酶(C4H)、花青素合成酶(ANS)、花青素-3-O-葡糖基转移酶(3GT)、咖啡酰辅酶A-O甲基转移酶(CCoAOMT)、黄酮醇3-甲基转移酶(F3OMT)基因表达参与叶片Cd积累与解毒.通过转录组测序初步揭示了苯丙烷代谢途径参与梭鱼草叶片防御Cd胁迫的相关基因,为今后深入研究苯丙烷代谢途径在梭鱼草抵抗重金属胁迫中的功能及相关机制提供了理论基础.
文献关键词：
镉;梭鱼草;叶片转录组;苯丙烷途径;基因挖掘
中图分类号：
作者姓名：
辛建攀;李燕;赵楚;田如男
作者机构：
南京林业大学风景园林学院,南京 210037
文献出处：
引用格式：
[1]辛建攀;李燕;赵楚;田如男-.镉胁迫下梭鱼草叶片转录组测序及苯丙烷代谢途径相关基因挖掘)[J].生物技术通报,2022(06):198-210
A类：
Estscan,F3OMT
B类：
镉胁迫,梭鱼草,草叶,叶片转录组,转录组测序,苯丙烷代谢,代谢途径,基因挖掘,重金属胁迫,Cd,转录组序列,NR,NT,PFAM,KOG,Swiss,Prot,公共数据库,差异表达基因,趋势化,共获,unigenes,次生代谢,代谢通路,Nr,CDS,软件预测,基因表达模式,Cluster,转录组数据,分别编,木质素,生物合成,合成关键酶,黄酮类化合物,肉桂酸,羟化酶,C4H,花青素合成酶,ANS,葡糖,糖基转移酶,3GT,咖啡,辅酶,甲基转移酶,CCoAOMT,黄酮醇,解毒,叶片防御,抗重金属,相关机制,苯丙烷途径
AB值：
0.278825
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