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基于生物信息学分析揭示circRNA-miRNA-mRNA调控网络在胃癌中的作用
文献摘要：
目的 通过生物信息分析识别胃癌中差异表达的环状RNA(DE circRNA),并揭示circRNA-miRNA-mRNA调控网络在胃癌中的作用.方法 选取GEO数据库中3个胃癌circRNA表达数据集,使用R软件中的Limma包来识别胃癌中的DE circRNA.对每个数据集筛选出的circRNA取交集后获得候选circRNA.使用生物信息学数据库预测circRNA下游的miRNA及mRNA,并通过生物信息学方法构建circRNA-miRNA-mRNA调控网络.使用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析,核心基因由STRING和Cytoscape数据库确定,建立circRNA-miRNA-核心基因调控网络.结果 本研究共鉴定2个DE circRNA、7个miRNA和1695个潜在靶基因.GO和KEGG富集分析表明,目标mRNA主要涉及癌症相关的通路和生物过程.本研究确定了10个核心基因(CTNNB1、MAPK1、KRAS、APP、FN1、CDH1、CASP3、BTRC、UBA52、CREB1).生存分析进一步表明,10个核心基因中有8个与胃癌患者的总生存期(OS)相关.基于2个circRNA、7个miRNA和10个核心基因建立了circRNA-miRNA-核心基因调控网络.结论 本研究鉴定的DE circRNA及构建的竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络可能为胃癌的诊断提供新的生物标志物或潜在的治疗靶点.
文献关键词：
胃癌;环状RNA;竞争性内源RNA;生物信息学
中图分类号：
作者姓名：
王艳君;许鑫鑫;鲁意迅;王风;王洁
作者机构：
郑州大学附属儿童医院/河南省儿童医院 外科重症监护室,河南 郑州 450000;中国人民解放军总医院第一医学中心 普通外科,北京 100853
文献出处：
引用格式：
[1]王艳君;许鑫鑫;鲁意迅;王风;王洁-.基于生物信息学分析揭示circRNA-miRNA-mRNA调控网络在胃癌中的作用)[J].河南医学研究,2022(11):1921-1925
A类：
UBA52
B类：
生物信息学分析,circRNA,miRNA,生物信息分析,分析识别,差异表达,DE,GEO,Limma,交集,生物信息学方法,DAVID,富集分析,核心基因,因由,STRING,Cytoscape,基因调控网络,靶基因,生物过程,CTNNB1,MAPK1,KRAS,FN1,CDH1,CASP3,BTRC,CREB1,生存分析,胃癌患者,总生存期,OS,竞争性,ceRNA,生物标志物,治疗靶点
AB值：
0.308334
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