典型文献
基于生物信息学方法探究溃疡性结肠炎的关键基因和通路
文献摘要：
目的 探究溃疡性结肠炎(UC)的发病机制,为其早期诊断和治疗药物的开发提供新思路.方法 从GEO数据库中下载基因芯片GSE42911数据集,使用在线分析工具GEO2R筛选出UC患者与健康人肠组织的差异表达基因(DEGs),将DEGs导入STRING数据库进行分析,筛选核心DEGs;利用在线数据库DAVID 6.8和STRING 11.0分别对核心DEGs进行基因本体论分析(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析和蛋白互作分析(PPI),使用Cytoscape 3.2.1软件筛选蛋白相互作用网络中的核心节点.结果 共筛选出487个DEGs,其中465个上调基因,22个下调基因,进一步筛选得到36个核心DEGs;KEGG富集分析显示,36个核心DEGs富集在25条通路上,主要包括:吞噬体、黏着小带、细菌侵袭上皮细胞、沙门氏菌感染、肌动蛋白细胞骨架调节、白细胞内皮移动等;GO分析显示主要富集的生物工程包括:GTP酶介导的信号转导、细胞或亚细胞成分的运动、线粒体ATP合成耦合质子转运、ATP合成耦合质子运输、线粒体膜电位的调节、胞外外体、胞质溶胶、细胞外间质、局部粘连、蛋白质结合、多聚RNA结合、质子转运ATP合成酶活性、谷胱甘肽酶活性、跨膜转运活性等;PPI网络分析得到 10 核心基因:RACK1、ACTG1、UBB、CCT8、HSPD1、SOD1、CDC42、PSMA6、CFL1、RPL7.结论 RACK1、ACTG1、UBB、CCT8等基因可能通过调控吞噬体、黏着小带、细菌侵袭上皮细胞、沙门氏菌感染、肌动蛋白细胞骨架调节、白细胞内皮移动等信号通路参与溃疡性结肠炎的发生发展.
文献关键词：
溃疡性结肠炎;差异基因;信号通路;吞噬体;沙门氏菌感染
中图分类号：
作者姓名：
宋崟;张科
作者机构：
天津医科大学总医院药剂科,天津300052
文献出处：
引用格式：
[1]宋崟;张科-.基于生物信息学方法探究溃疡性结肠炎的关键基因和通路)[J].医学信息,2022(16):13-17
A类：
GSE42911,CCT8,PSMA6,RPL7
B类：
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AB值：
0.321349
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