典型文献
基于生物信息学的乳腺癌潜在关键基因鉴定与预后分析
文献摘要：
目的 利用生物信息学方法筛选乳腺癌发生发展过程中的关键基因和重要信号通路,为乳腺癌发病机制的解析和治疗提供新的候选靶点和理论依据.方法 从基因表达数据库(GEO)下载数据集GSE139038,利用GEO2R筛选差异表达基因,用于注释、可视化和集成发现的数据库(DAVID)对差异表达基因进行基因本体论(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路注释,STRING在线分析工具和Cytoscape软件对差异基因构建蛋白质相互作用网络并筛选关键基因,利用基因表达谱分析(交互分析)(Gene GEPIA)和Kaplan-Meier Plotter在线分析工具对候选的关键基因进行表达验证和生存分析.结果 筛选出519个显著差异表达基因(|log2FC|≥2,P<0.01),其中下调基因38个,上调基因481个.蛋白质相互作用网络分析共筛选出10个潜在的核心基因(CDK1、CDCA8、SSK1、BUB1、TOP2A、DLGAP5、NUF2、CT84、CDCA5、MELK).这10个潜在的核心基因在乳腺癌样本中高表达且具有较差的预后.结论 CDK1、CDCA8、SSK1、BUB1、TOP2A、DLGAP5、NUF2、CT84、CDCA5和MELK可能是乳腺癌发生发展的关键基因,为乳腺癌诊断、治疗和预后评估提供了潜在理论依据.
文献关键词：
乳腺癌;生物信息学;差异表达基因;预后
中图分类号：
作者姓名：
胡振良;何奉姣;邓霖萱;贺睿昕;唐亮;向勤
作者机构：
长沙医学院基础医学院,湖南长沙 410219
文献出处：
引用格式：
[1]胡振良;何奉姣;邓霖萱;贺睿昕;唐亮;向勤-.基于生物信息学的乳腺癌潜在关键基因鉴定与预后分析)[J].中国当代医药,2022(33):14-18,23
A类：
GSE139038,SSK1,CT84
B类：
关键基因鉴定,预后分析,利用生物,生物信息学方法,基因表达数据库,下载数据,GEO2R,差异表达基因,DAVID,基因本体论,功能注释,京都基因与基因组百科全书,STRING,在线分析工具,Cytoscape,差异基因,蛋白质相互作用网络,选关,基因表达谱,表达谱分析,交互分析,Gene,GEPIA,Kaplan,Meier,Plotter,生存分析,log2FC,核心基因,CDK1,CDCA8,BUB1,TOP2A,DLGAP5,NUF2,CDCA5,MELK,预后评估
AB值：
0.291482
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