典型文献
IncRNA-HMGCS1的靶基因预测及信号通路富集分析
文献摘要：
目的 运用生物信息学方法,分析长链非编码RNA-HMGCS1在细胞内的调控靶基因及信号通路,并对其进行生物学功能注释,阐述IncRNA-HMGCS1在细胞内的功能作用.方法 在miRDB数据库和Starbase3.0数据库中分别以IncRNA-HMGCS1作为目标基因,搜索与其结合的所有miRNAs,将2个数据库搜索的结果取交集,得到候选miRNAs.在Starbase3.0数据库中预测miRNAs的靶基因,并在DAVID数据库进行GO功能注释和Pathway通路富集.结果 miRDB数据库预测到95个miRNA与lncRNA-HMGCS1相作用,Starbase3.0数据库预测到167个miRNA与之相作用,选取2个数据库的交集共14个miRNA;GO功能注释显示14个miRNA的靶基因主要分布在转录调控、转录因子结合及细胞双链DNA结合等方面,生物学过程主要分布在细胞内转运,内质网-高尔基复合体物质转运等功能方面,信号通路富集结果主要分布在细胞衰老、细胞节律、细胞长时程增强以及泛素介导的蛋白降解方面.结论 长链非编码RNA-HMGCS1调控的细胞内靶基因及信号通路主要包括内质网-高尔基复合体物质转运、细胞衰老、细胞节律、细胞长时程增强以及泛素介导的蛋白降解等方面,进而调控细胞的生理和病理过程.
文献关键词：
生物学功能;靶基因;IncRNA-HMGCS1;内质网-高尔基复合体
中图分类号：
作者姓名：
肖杨;蒋振
作者机构：
川北医学院基础医学与法医学院生物化学与分子生物学教研室,四川 南充637000
文献出处：
引用格式：
[1]肖杨;蒋振-.IncRNA-HMGCS1的靶基因预测及信号通路富集分析)[J].医学信息,2022(17):7-11
A类：
HMGCS1,Starbase3
B类：
IncRNA,靶基因预测,信号通路富集,通路富集分析,生物信息学方法,长链非编码,调控靶基因,生物学功能,功能注释,功能作用,miRDB,miRNAs,交集,DAVID,Pathway,lncRNA,转录调控,双链,生物学过程,胞内转运,内质网,高尔基,复合体,体物,物质转运,集结,细胞衰老,节律,长时程增强,泛素,蛋白降解,病理过程
AB值：
0.2291
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