典型文献
长链非编码RNA CASC9的靶基因预测及信号通路富集分析
文献摘要：
目的 运用生物信息学分析方法分析长链非编码RNA(CASC9)在细胞内的调控靶基因及信号通路,并对其进行生物学功能注释,阐述CASC9在细胞内的功能.方法 在miRDB数据库和Starbase3.0数据库中预测与CASC9有miRNA-IncRNA互作关系的miRNA,将结果取交集;在Starbase3.0数据库中预测miRNAs靶基因,并进行GO功能注释和Pathway通路富集.结果 miRDB数据库预测到50个miRNA与CASC9相作用,Starbase数据库预测到23个miRNA与之相作用,取交集共得当16个miRNA;GO功能注释显示16个miRNA的靶基因主要分布在细胞内金属离子功能,如镁离子等;生物学过程主要分布在蛋白质的磷酸化和信号通路方面;信号通路富集结果主要分布在泛素介导的蛋白质降解通路、Autophage相关信号通路、MAPK信号通路、RAS信号通路以及细胞内的肿瘤信号通路等.结论 长链非编码RNA CASC9在细胞内的调控作用与镁离子结合、蛋白质磷酸化调控、蛋白质泛素化降解、自噬以及多种肿瘤发生信号通路密切相关,其可通过上述作用通路调控疾病的病理进展.
文献关键词：
CASC9;长链非编码RNA;信号通路;肿瘤
中图分类号：
作者姓名：
袁晓霞;肖杨;罗瑶敏;魏晨;蒋振
作者机构：
川北医学院基础医学与法医学院生物化学与分子生物学教研室,四川 南充637000
文献出处：
引用格式：
[1]袁晓霞;肖杨;罗瑶敏;魏晨;蒋振-.长链非编码RNA CASC9的靶基因预测及信号通路富集分析)[J].医学信息,2022(16):7-12
A类：
Starbase3,Autophage
B类：
长链非编码,CASC9,靶基因预测,信号通路富集,通路富集分析,生物信息学分析,调控靶基因,生物学功能,功能注释,miRDB,IncRNA,互作关系,交集,miRNAs,Pathway,得当,金属离子,镁离子,生物学过程,集结,蛋白质降解,降解通路,MAPK,RAS,离子结合,蛋白质磷酸化,泛素化,自噬,肿瘤发生,生信,述作,作用通路,病理进展
AB值：
0.277287
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