典型文献
千针万线草根转录组测序及黄酮类化合物合成相关基因挖掘
文献摘要：
[目的]通过高通量测序获取千针万线草根转录组信息,在分子水平上进一步研究千针万线草根黄酮类的生物合成.[方法]采用高通量测序技术平台lllumina Novaseq 6000完成千针万线草根的转录组测序,对unigenes进行功能注释和解析黄酮类化合物的生物合成相关基因.[结果]总共得到34137条Unigenes,平均长度为1093.58 bp.注释到六大功能数据库(NR、egg NOG、Pfam、Swiss-Prot、GO、KEGG)中的Unigenes总数达到22369条.千针万线草根Unigenes匹配至NR数据库的有21510条,与黎科的甜菜、藜麦和菠菜有高度同源性;19414条Unigenes在egg NOG数据库得到19980个注释并划分为23类;19942条Unigenes在GO数据库中获得69356个注释,根据功能划分为细胞组分、分子功能及生物过程三大类,分别对应14、16、23个亚类,其中涉及生物过程较多;6505条Unigenes富集在KEGG数据库的131条通路中,代谢相关的通路占比最大,其中筛选获得80个与黄酮类化合物代谢相关的基因,共编码16个关键酶.同时,有724个Unigenes被注释为转录因子.[结论]对千针万线草根进行转录组测序及基因功能注释,并筛选到多个与黄酮类化合物合成相关的Unigenes,研究结果丰富了千针万线草根的遗传信息,可以为进一步鉴定该物种药用成分合成的关键基因及其调控机制提供一定的参考依据.
文献关键词：
千针万线草;根;转录组;测序;基因功能注释
中图分类号：
作者姓名：
孙诗瑶;王晓丽;曹子林;张博林;郭紫微;赵思懿
作者机构：
西南林业大学生态与环境学院,云南 昆明 650224;西南林业大学林学院,云南 昆明 650224
文献出处：
引用格式：
[1]孙诗瑶;王晓丽;曹子林;张博林;郭紫微;赵思懿-.千针万线草根转录组测序及黄酮类化合物合成相关基因挖掘)[J].福建农业学报,2022(08):1008-1015
A类：
千针万线草
B类：
草根,转录组测序,黄酮类化合物,基因挖掘,分子水平,生物合成,高通量测序技术,技术平台,lllumina,Novaseq,成千,unigenes,总共,Unigenes,平均长度,bp,NR,egg,NOG,Pfam,Swiss,Prot,甜菜,藜麦,菠菜,同源性,功能划分,生物过程,亚类,关键酶,基因功能注释,遗传信息,药用成分,分合,关键基因,调控机制
AB值：
0.241579
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