典型文献
捻转血矛线虫阿苯达唑耐药虫株给药前后miRNA差异表达谱及网络调控分析
文献摘要：
旨在通过miRNA测序技术对捻转血矛线虫阿苯达唑给药前后的耐药虫株差异表达miRNA及网络调控分析,获取其转录本中全miRNA表达谱及耐药相关差异表达基因和miRNA,探究miRNA在捻转血矛线虫阿苯达唑耐药虫株给药前后的差异.采用Illumina Hiseq2 000平台对捻转血矛线虫阿苯达唑耐药虫株给药前和给药后的虫体进行Small RNA-seq测序,将Raw Data与参考基因组和miRBase数据库进行比对分析,使用RNAhybrid,Miranda和TargetScan对miRNA靶基因进行预测,筛选捻转血矛线虫耐药虫株给药前后表达量显著差异的miRNA并通过Stem-loop qRT-PCR验证,同时对差异显著的miRNA-mRNA调控关系采用Cytoscape软件进行可视化分析.将靶基因向KEGG和GO两大权威数据库映射,预测和分析靶基因功能注释情况和参与调控的通路情况.结果显示:1)捻转血矛线虫阿苯达唑耐药虫株给药前和给药后共筛选出显著差异表达的miRNA 188个,其中125个上调,63个下调,且qRT-PCR结果与转录组测序结果表达情况一致.2)显著差异表达的144个miRNA共关联到353个miRNA-mRNA负调控关系,注释到46条GO功能条目以及代谢,运输和降解等327条通路.3)筛选出的候选靶基因主要富集在ABC转运蛋白,HIF-1信号通路,cGMP-PKG信号通路以及P450药物代谢通路,证实在药物胁迫的影响下捻转血矛线虫主要通过代谢和转运的方式参与耐药性调控.本研究为捻转血矛线虫耐药性诊断辅助分子标记的筛选和虫体耐药性调控因素及作用机制的研究提供参考.
文献关键词：
捻转血矛线虫;阿苯达唑;耐药性;转录组;miRNA
中图分类号：
作者姓名：
王腾宇;陈昕迪;石雅琴;毛晓伟;闫旭;苏娅;温海峰;刘春霞;王文龙
作者机构：
内蒙古农业大学兽医学院/农业部动物疾病临床诊疗技术重点实验室,呼和浩特010018;内蒙古农业大学生命科学院,呼和浩特010018
文献出处：
引用格式：
[1]王腾宇;陈昕迪;石雅琴;毛晓伟;闫旭;苏娅;温海峰;刘春霞;王文龙-.捻转血矛线虫阿苯达唑耐药虫株给药前后miRNA差异表达谱及网络调控分析)[J].中国农业大学学报,2022(11):140-152
A类：
Hiseq2
B类：
捻转血矛线虫,阿苯达唑,miRNA,表达谱,转录本,差异表达基因,Illumina,虫体,Small,Raw,Data,参考基因,miRBase,比对分析,RNAhybrid,Miranda,TargetScan,靶基因,Stem,loop,qRT,Cytoscape,大权,基因功能注释,转录组测序,负调控,条目,ABC,转运蛋白,HIF,cGMP,PKG,P450,药物代谢,代谢通路,胁迫,耐药性,分子标记,调控因素
AB值：
0.256339
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