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典型文献
基于加权关联网络分析的辣椒(Capsicum annuum L.)果实颜色转变相关基因的鉴定
文献摘要:
辣椒属于茄科(Solanaceae)辣椒属(Capsicum L.)一年生或多年生植物,其播种面积和产值在中国均居蔬菜首位.果色是辣椒众多经济性状中最直观的性状之一,直接影响人们的购买选择.辣椒果色受多种因素调控,相关色素生物合成的分子调控还需进一步解析.本研究以果实发育过程中呈现5种颜色的辣椒种质HNCA0076为实验材料,进行了生理检测、转录组测序以及WGCNA分析.在果实5个不同颜色时期,叶绿素含量变化较大,类胡萝卜素含量整体呈现递增趋势,类黄酮含量无明显变化,花色苷含量在紫色果期后逐渐降低,橙色果期后又逐渐升高.RNA测序数据质量满足进一步分析要求.4个转色期的上调(下调)表达基因数分别为826(276)、390(588)、1248(1800)和1528(2485),随着果实的逐步发育,相邻比较组合中的差异基因的数量逐渐增加.差异表达基因经GO富集分析,主要集中在分子功能中的四吡咯结合、血红素结合、转移酶活性、氧化还原酶活性、铁离子结合和水解酶活性等过程;KEGG富集分析主要富集在类胡萝卜素生物合成、类黄酮生物合成和淀粉、蔗糖代谢等信号通路,其中类胡萝卜素代谢途径的3个基因在紫色时期向黄色时期的转变过程中表达上调,类黄酮代谢途径的11个基因在黄色时期向红色时期的转变过程中表达下调.4个对比组合差异基因分别注释到8877、8736、8689、8573个转录因子,共同注释到8049个转录因子,包括AP2、F-box、MYB和UDPGT等类型.利用非冗余的差异表达基因进行了加权关联网络分析,关联到4个与叶绿素、类胡萝卜素、花色苷、类黄酮含量相关的模块,进一步分析表明p450(LOC107859314)、Pkinase(LOC107839192、LOC107875415)、F-box(LOC107863894)和zf-MYND(LOC107852593)等29个转录因子可能参与辣椒果实转色的调控.本研究为进一步探索辣椒果实色素形成过程中的关键调控因子以及分析相关色素生物合成的调控提供了重要数据.
文献关键词:
一年生辣椒;转色;类胡萝卜素;类黄酮;转录因子
作者姓名:
金威恒;MUMTAZ Muhammad Ali;何成尧;夏禹;郝园园;李彩朝;汪志伟
作者机构:
海南省热带园艺作物品质调控重点实验室/海南大学园艺学院,海南海口 570228;海南大学三亚南繁研究院/海南省崖州湾种子实验室,海南三亚 572025
文献出处:
引用格式:
[1]金威恒;MUMTAZ Muhammad Ali;何成尧;夏禹;郝园园;李彩朝;汪志伟-.基于加权关联网络分析的辣椒(Capsicum annuum L.)果实颜色转变相关基因的鉴定)[J].热带作物学报,2022(06):1129-1143
A类:
HNCA0076,UDPGT,LOC107859314,Pkinase,LOC107839192,LOC107875415,LOC107863894,LOC107852593
B类:
关联网络,Capsicum,annuum,果实颜色,变相,辣椒属,茄科,Solanaceae,多年生,播种面积,产值,均居,果色,经济性状,因素调控,生物合成,分子调控,果实发育,种颜色,实验材料,转录组测序,WGCNA,叶绿素含量,含量变化,类胡萝卜素含量,类黄酮,黄酮含量,花色苷,紫色,橙色,序数,数据质量,转色期,差异基因,差异表达基因,富集分析,吡咯,血红素,转移酶,氧化还原酶,铁离子,离子结合,水解酶活性,蔗糖代谢,类胡萝卜素代谢途径,转变过程,黄酮代谢,AP2,box,MYB,非冗余,p450,zf,MYND,辣椒果实,调控因子,重要数据,一年生辣椒
AB值:
0.311409
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