典型文献
红肉火龙果成熟茎的全长转录组测序分析及蔗糖代谢相关基因分离
文献摘要：
[目的]分离红肉火龙果成熟茎中表达的基因全长序列,为研究参与蔗糖合成和降解等重要代谢途径的候选基因生理功能提供基础.[方法]提取红肉火龙果成熟茎总RNA,采用基于Pacbio Sequel平台的转录组测序进行全长转录组分析.对获得的序列进行功能注释和分类,并与此前基于Illumina平台的转录组测序结果进行比较分析.[结果]全长转录组测序共获得30 313条高质量转录本,平均长度为1829 bp.预测获得编码序列(Coding sequence,CDS)数量为40 255个,长度为297～5202 bp,平均长度为1179 bp;共计13 939条转录本在公共数据库被注释,占所有转录本数量的45.98％;在NR数据库中注释的转录本数量占比为45.49％,注释转录本数量较多的物种为甜菜和菠菜,占比分别为50.95％和24.90％.与此前基于Illumina平台的转录组测序联合分析,获得若干在成熟茎中表达的蔗糖代谢相关基因的全长序列.[结论]基于全长转录组测序获得的转录本长度显著长于Il-lumina平台的转录组测序,有利于后续分离和研究红肉火龙果成熟茎中重要代谢途径的功能基因全长.
文献关键词：
成熟茎;基因全长序列;序列注释;蔗糖代谢;基因分离
中图分类号：
作者姓名：
郑乾明;王小柯;马玉华
作者机构：
贵州省农业科学院果树科学研究所,贵阳 550006
文献出处：
引用格式：
[1]郑乾明;王小柯;马玉华-.红肉火龙果成熟茎的全长转录组测序分析及蔗糖代谢相关基因分离)[J].西南农业学报,2022(03):581-587
A类：
B类：
红肉火龙果,成熟茎,全长转录组测序,转录组测序分析,蔗糖代谢,代谢相关基因,基因分离,基因全长序列,蔗糖合成,代谢途径,候选基因,生理功能,Pacbio,Sequel,转录组分析,功能注释,此前,Illumina,共获,转录本,平均长度,bp,编码序列,Coding,sequence,CDS,公共数据库,NR,数量占比,甜菜,菠菜,联合分析,功能基因,序列注释
AB值：
0.262244
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
