典型文献
春尺蠖转录组及嗅觉相关基因分析
文献摘要：
[目的]建立春尺蠖Apocheima cinerarius Erschoff转录组数据库,注释相关基因功能,挖掘其嗅觉相关基因,并初探其系统进化关系,为今后深入研究春尺蠖嗅觉感受机理奠定分子基础,从而运用相关基因进行有效防治提供分子信息学基础.[方法]采用新一代高通量测序平台(Illumina HiSeqTM 2500)对春尺蠖雌雄成虫进行转录组测序,经数据组装,筛选嗅觉相关基因,并采用聚类及功能注释对测序结果进行分析.[结果]从春尺蠖转录组数据库()基因数据中组装获得37542条Unigenes,与公共数据库比对,共有17296条Unigenes获得注释,与斜纹夜蛾Spo-doptera litura相似基因数最多,达16.3％.GO数据库注释显示,11174条Unigenes的分子功能分布于细胞组分、分子功能和生物过程3大类的55个功能组.KEGG数据库比对分析结果表明,5444个Unigenes形成了230个代谢通路.结合基因注释和blastp验证结果共获取嗅觉相关基因70个,包括22个气味结合蛋白(odorant binding proteins,OBPs)基因,23个化学感受蛋白(chemosen-sory proteins,CSPs)基因,14个气味受体(odorant receptor,OR)基因(包括13个普通受体和1个共受体ORco),8个离子型受体(Ion-otropic receptors,IRs)基因,3个感觉神经元膜蛋白(sensory neuron membrane proteins,SNMPs)基因.与茶尺蠖Ectropis oblique、国槐尺蠖Semiothisa cinerearia、家蚕Bombyx mori、亚洲玉米螟Ostrinia furnacalis等4种昆虫的96个CSPs构建的系统进化树结果显示,春尺蠖与茶尺蠖形成了清晰的直系同源谱系,共有9对CSPs聚到同一分支上.[结论]本研究首次构建春尺蠖成虫转录组数据库,鉴定得到雌雄成虫嗅觉相关基因,并对鉴定出的基因进行系统进化探究,为春尺蠖的基因功能挖掘及嗅觉识别机理研究提供了分子基础数据.
文献关键词：
春尺蠖;高通量测序;基因注释;嗅觉相关基因
中图分类号：
作者姓名：
陈龙;单艳敏;廖桂堂;崔阔澍;伍亚琼;杨淞杰
作者机构：
河套学院农学系,内蒙古巴彦淖尔015000;内蒙古自治区林业和草原有害生物防治检疫总站,呼和浩特010051;成都信息工程大学,成都610225;四川省农业技术推广总站,成都610041;四川省农业农村厅植物保护站,成都610041
文献出处：
引用格式：
[1]陈龙;单艳敏;廖桂堂;崔阔澍;伍亚琼;杨淞杰-.春尺蠖转录组及嗅觉相关基因分析)[J].西南农业学报,2022(01):120-129
A类：
Apocheima,cinerarius,Erschoff,Spo,doptera,blastp,chemosen,ORco,otropic,SNMPs,Semiothisa,cinerearia
B类：
春尺蠖,嗅觉相关基因,基因分析,立春,转录组数据,基因功能,进化关系,分子基础,有效防治,高通量测序平台,Illumina,HiSeqTM,雌雄,成虫,转录组测序,功能注释,基因数据,Unigenes,公共数据库,库比,斜纹夜蛾,litura,数最多,功能分布,生物过程,功能组,比对分析,代谢通路,基因注释,共获,气味结合蛋白,odorant,binding,proteins,OBPs,个化,化学感受蛋白,CSPs,气味受体,离子型,Ion,receptors,IRs,感觉神经,膜蛋白,sensory,neuron,membrane,茶尺蠖,Ectropis,oblique,国槐,槐尺蠖,家蚕,Bombyx,mori,亚洲玉米螟,Ostrinia,furnacalis,昆虫,系统进化树,直系,源谱,建春,功能挖掘,嗅觉识别,识别机理
AB值：
0.344615
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