典型文献
藜麦SPP基因家族全基因组鉴定及表达模式分析
文献摘要：
为明确CqSPPs基因家族的进化关系,以公开的藜麦基因组数据库为基础,鉴定出4个CqSPP基因,并进一步明确了各成员结构及其编码蛋白的理化性质、亚细胞定位、保守结构域、模体和启动子.以现有高通量转录组数据为基础,明确了各成员在藜麦不同组织中的表达水平,并采用qRT-PCR对各成员在苗期不同逆境下的表达水平进行了检测.CqSPPs分布于4个不同的染色体上,将其命名为CqSPP1～CqSPP4,其蛋白氨基酸数目在399～623之间,分子量介于45.24～70.77 kDa之间,理论等电点在5.64～6.93之间,同时表现出明显的亲水性.亚细胞定位预测显示除了藜麦SPP2蛋白预测结果为不确定外,其余蛋白主要定位在叶绿体上.蛋白保守模体分析结果显示,在该基因家族编码蛋白中预测得到10种保守模体,其中所有蛋白均含有8个排列顺序相同的模体.系统发育分析显示,植物中SPP基因家族可以分为5个组,其中CqSPP基因处于其中的2个组,并且与拟南芥SPP基因亲缘关系最近.启动子分析显示,各成员在启动子区域存在多种响应非生物胁迫的顺式转录元件.表达分析显示CqSPP1在各组织中均明显表达,而CqSPP4在各组织中表达量较低.在受到不同胁迫时,SPP基因家族的响应情况各不相同.结果表明CqSPPs有4个成员,且受多种非生物胁迫诱导表达,推测其可能在藜麦响应非生物胁迫过程中发挥了重要作用.
文献关键词：
磷酸蔗糖磷酸酶(SPP);基因家族;藜麦;表达分析
中图分类号：
作者姓名：
陈紫岩;林参;尹航;张豪杰;魏真真;余希文;吴传万;李茹
作者机构：
江苏徐淮地区淮阴农业科学研究所,江苏 淮安 223000;江苏天丰种业有限公司,江苏 淮安 223000;四川省农业科学院 植物保护研究所,四川 成都 610066;苏州市农业科学院,江苏 苏州 215000
文献出处：
引用格式：
[1]陈紫岩;林参;尹航;张豪杰;魏真真;余希文;吴传万;李茹-.藜麦SPP基因家族全基因组鉴定及表达模式分析)[J].江西农业学报,2022(10):116-123
A类：
CqSPPs,CqSPP,CqSPP1,CqSPP4
B类：
藜麦,基因家族,全基因组鉴定,表达模式分析,进化关系,基因组数据,编码蛋白,亚细胞定位,保守结构域,转录组数据,不同组织,qRT,苗期,逆境,分子量,kDa,等电点,亲水性,定位预测,SPP2,叶绿体,模体分析,排列顺序,系统发育分析,拟南芥,亲缘关系,启动子分析,启动子区域,非生物胁迫,顺式,表达分析,组织中表达,各不相同,诱导表达,蔗糖
AB值：
0.255263
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