典型文献
基于Snakemake的RNA-seq数据自动化分析流程RNApipe
文献摘要：
为使科研工作者简单高效地分析RNA-seq数据,本研究基于Snakemake工作流程管理系统和Conda环境管理器构建了一个自动化和模块化的工作流程:RNApipe(Github:),其可对来自任何有参物种的RNA-seq数据自动执行质控、比对、定量、鉴定差异基因,以及GO、KEGG、GSEA等功能注释分析;其中,每一步骤的分析结果均以高质量的可视化图片或报告展示,并保留重要的输出文件.使用RNApipe在多个模式物种中的测试与评估结果表明:RNApipe可以平稳运行,且注释结果准确.与现有的自动化分析流程相比,RNApipe的主要特点包括:工作流程较为完整、默认工具消耗时间与资源较少、适用于任何有参物种、全面的可视化、以及用户友好性(易安装、易使用、易扩展).研究表明,RNApipe便于研究人员快速地从大型RNA-seq测序数据中获取基本信息.
文献关键词：
转录组测序;差异表达分析;功能注释;Snakemake;Conda;自动化数据分析;可视化
中图分类号：
作者姓名：
武乐;李益楠;孔德信;周志鹏
作者机构：
华中农业大学信息学院,武汉430070;华中农业大学生命科学技术学院,武汉430070
文献出处：
引用格式：
[1]武乐;李益楠;孔德信;周志鹏-.基于Snakemake的RNA-seq数据自动化分析流程RNApipe)[J].华中农业大学学报,2022(06):143-151
A类：
Snakemake,RNApipe,Conda
B类：
seq,自动化分析,科研工作,工作流程管理,环境管理,管理器,Github,自任,自动执行,质控,差异基因,GSEA,功能注释,模式物种,默认,耗时间,用户友好,友好性,易使用,序数,转录组测序,差异表达分析,自动化数据分析
AB值：
0.306076
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