典型文献
扁茎黄芪转录组测序及生物信息学分析
文献摘要：
为获得扁茎黄芪转录组信息及功能基因表达特征,以扁茎黄芪的幼苗叶片为材料,利用Illumina HiSeq平台进行转录组测序及生物信息学系统分析.结果显示,共获得扁茎黄芪Unigene 19280条,总长23472470 bp,其中GC含量达42.74％,测序质量和组装效果较好.通过Blast分析后,分别有12541,10120,9412,8953,7494,5052条Unigene在Nr、Swiss-Prot、GO、KEGG、KOG、COG数据库获得注释.注释到的扁茎黄芪Unigene同源物种以豆科植物为主,尤其是与其同属蝶形花亚科的鹰嘴豆、蒺藜苜蓿和相思子匹配度较高,分别占31.49％,14.50％,11.65％;扁茎黄芪注释Unigene涉及3个GO类别,354条KEGG代谢通路和25个KOG功能分类,其中富集最多的类别分别为代谢过程、一般功能预测和嘌呤代谢,说明扁茎黄芪幼苗期的叶片细胞具有活跃的新陈代谢活动,基因表达丰富.另外,扁茎黄芪Unigene在KEGG数据库中的感染性疾病类别获得较多注释,表明其植株部位也可能具有药用价值.利用MISA软件挖掘到5849个SSR位点,SSR出现频率30.34％.扁茎黄芪基因组内SSR位点丰富、类型多样化,单碱基至六碱基重复全部出现,其中单碱基丰度最高,占40.56％,以A/T、AG/CT和AAG/CTT为优势基元.
文献关键词：
扁茎黄芪;转录组;生物信息学;Unigene;分子标记
中图分类号：
作者姓名：
武悦;陈阳;王星哲;单飞彪;张勇;孙鸿举
作者机构：
内蒙古大学 生命科学学院,内蒙古 呼和浩特 010020;巴彦淖尔市农牧业科学研究院,内蒙古 临河 015000
文献出处：
引用格式：
[1]武悦;陈阳;王星哲;单飞彪;张勇;孙鸿举-.扁茎黄芪转录组测序及生物信息学分析)[J].华北农学报,2022(01):42-49
A类：
B类：
扁茎黄芪,转录组测序,生物信息学分析,功能基因,基因表达特征,Illumina,HiSeq,共获,Unigene,总长,bp,Blast,Nr,Swiss,Prot,KOG,COG,豆科植物,同属,蝶形花,花亚科,鹰嘴豆,蒺藜苜蓿,相思子,匹配度,代谢通路,功能分类,中富,代谢过程,功能预测,嘌呤代谢,幼苗期,叶片细胞,新陈代谢,代谢活动,感染性疾病,植株部位,药用价值,MISA,SSR,类型多样化,碱基,AAG,CTT,基元,分子标记
AB值：
0.375018
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