为了挖掘番茄青枯病抗性基因,对青枯菌侵染前后的不同番茄自交系进行转录组测序(RNA-seq).结果发现,在12个样本中共获得75.02 Gb的高质量数据,以差异倍数(FC)≥2且错误发现率(FDR)<0.01为标准,在抗、感番茄中分别获得970,695个差异表达基因(DEGs),共计1312个,占基因总数的3.71％.其中,上调基因数目分别为457,450个,共计693个;下调基因数目分别为513,245个,共计621个.这些DEGs中,有836个材料特异DEGs.通过GO和KEGG注释,这些DEGs主要分为代谢、调控、响应、结合和催化等47个功能组和DNA复制、次生物质合成、植物-病原物互作、信号转导等88个代谢通路,涉及4个NBS类抗病基因、6个植病互作基因、11个植物激素信号转导基因、22个防御反应基因、32个蛋白激酶、65个转录因子和多个其他重要功能基因,表明这些基因在响应Rs方面扮演着重要角色.启动子分析发现,这些基因含有多个防御与胁迫响应相关元件.选取50个代表基因进行RT-qPCR验证,发现超过1/2的基因表达变化趋势与RNA-seq结果一致.Solyc02g086980.3和Solyc04g011670.3可能参与抗病反应,Solyc01g073985.1、Solyc09g092580.4、Solyc09g098100.4和Solyc10g081300.1可能参与感病反应.这些基因表达谱有助于认识番茄青枯病抗性分子基础,进而加快基因改良和分子育种应用.

番茄;青枯菌;转录组;差异表达基因;基因注释;定量表达

史建磊;熊自立;苏世闻;王克磊;宰文珊

温州科技职业学院,浙江 温州 325006;福建农林大学 农学院,福建 福州 350002

华北农学报

[1]史建磊;熊自立;苏世闻;王克磊;宰文珊-.基于RNA-seq的番茄青枯病响应基因鉴定与表达分析)[J].华北农学报,2022(02):171-182

Solyc02g086980,Solyc04g011670,Solyc01g073985,Solyc09g092580,Solyc09g098100,Solyc10g081300

seq,番茄青枯病,响应基因,基因鉴定,表达分析,青枯病抗性,抗性基因,青枯菌,侵染,自交系,转录组测序,共获,Gb,质量数据,倍数,FC,错误发现率,FDR,差异表达基因,DEGs,功能组,生物质,原物,信号转导,代谢通路,NBS,抗病基因,互作基因,植物激素,激素信号,防御反应,蛋白激酶,重要功能,功能基因,Rs,启动子分析,胁迫响应,关元,qPCR,表达变化,抗病反应,参与感,基因表达谱,分子基础,分子育种,育种应用,基因注释,定量表达

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