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三种厚朴叶绿体基因组的比较研究
文献摘要：
为了深入发掘日本厚朴、厚朴、凹叶厚朴叶绿体基因组差异,筛选厚朴优良性状候选基因,开展三种厚朴的分子遗传研究,该文利用Illumina HiSeq高通量测序平台首次对日本厚朴叶绿体进行测序、组装,并与已有的厚朴、凹叶厚朴叶绿体基因组共同注释,获得三个物种叶绿体基因图谱,筛选出三个基因组中的差异基因,又与同科中11个亲缘物种进行叶绿体基因组比对,构建NJ遗传树.结果表明:(1)日本厚朴叶绿体基因组的Clean Reads为19791019,Q30为91.33％,组装后基因组全长160051 bp,GC含量为39.2％,含tRNA 37个,rRNA 8个.(2)比对分析发现三种厚朴具有相似的IR、LSC和SSC结构,以及GC含量和tRNA数量,但编码基因种类和数量、内含子和外显子的数量和结构等存在差异.(3)日本厚朴的功能基因数目较厚朴、凹叶厚朴分别多6个和4个,主要分布于LSC区和IR区,涉及核糖体大亚基、核糖体小亚基和未知功能基因类群.(4)系统发育分析结果进一步显示日本厚朴与凹叶厚朴亲缘关系较近,其次是厚朴.该研究表明日本厚朴具有更丰富的叶绿体基因组结构、组成和变异特征,是其适应高纬度地区弱光、低温环境的分子机制,这为厚朴类优良品种的分子选育提供有力的指导.
文献关键词：
厚朴;凹叶厚朴;日本厚朴;叶绿体基因组;系统发育树
中图分类号：
作者姓名：
张敏;尹彦棚;周罗静;任波;王丽;时小东;侯飞侠;彭成;高继海
作者机构：
成都中医药大学 药学院 西南特色中药资源国家重点实验室,成都611137;四川省林业科学研究院,成都610065;成都大学,成都610106
文献出处：
引用格式：
[1]张敏;尹彦棚;周罗静;任波;王丽;时小东;侯飞侠;彭成;高继海-.三种厚朴叶绿体基因组的比较研究)[J].广西植物,2022(08):1394-1401
A类：
日本厚朴
B类：
叶绿体基因组,凹叶厚朴,优良性状,候选基因,分子遗传,遗传研究,Illumina,HiSeq,高通量测序平台,基因图谱,差异基因,同科,NJ,Clean,Reads,Q30,后基因组,基因组全长,bp,tRNA,rRNA,比对分析,LSC,SSC,编码基因,基因种,内含子,外显子,功能基因,较厚,核糖体小亚基,类群,系统发育分析,亲缘关系,明日,基因组结构,变异特征,高纬度地区,弱光,低温环境,优良品种,选育,系统发育树
AB值：
0.267552
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