典型文献
喜马红景天叶绿体基因组特征及其系统发育分析
文献摘要：
以青藏高原特有药用植物——喜马红景天(Rhodiola himalensis)为试验材料,利用高通量测序技术对喜马红景天进行叶绿体基因组测序、组装和注释,获得完整的叶绿体基因组.结果显示:喜马红景天叶绿体基因组全长为151074 bp,GC含量为37.8％,具有1个长单拷贝区、1个短单拷贝区和1对反向重复区的典型四分体结构,其序列长度分别为82309、17017、25874 bp;叶绿体基因组共编码130个基因,其中编码蛋白的基因86个、编码tRNA的基因37个、编码rRNA的基因7个;叶绿体基因组共检测出25513个密码子,其中编码亮氨酸(Leu)的密码子占比最大;喜马红景天IRa和IRb区的rps19和ycf1基因缺失,长单拷贝区的trnH基因收缩;喜马红景天与圣地红景天(R.sacra)亲缘关系最近;短单拷贝区域的单核苷酸多态性(SNP)变异频率最高.本研究报道了喜马红景天的叶绿体基因组,并对其进行了组装、注释和序列分析,为今后开展喜马红景天的遗传多样性研究和合理开发利用提供理论依据.
文献关键词：
叶绿体基因组;系统发育;简单重复序列;IR区边界分析;喜马红景天
中图分类号：
作者姓名：
张雨;苏旭;刘玉萍;刘涛;郑长远;苏丹丹;王亚男;吕婷
作者机构：
青海师范大学生命科学学院,西宁 810008;青海师范大学青海省青藏高原药用动植物资源重点实验室,西宁 810008;青海师范大学高原科学与可持续发展研究院,西宁 810016
文献出处：
引用格式：
[1]张雨;苏旭;刘玉萍;刘涛;郑长远;苏丹丹;王亚男;吕婷-.喜马红景天叶绿体基因组特征及其系统发育分析)[J].植物研究,2022(04):602-612
A类：
喜马红景天,himalensis,sacra
B类：
叶绿体基因组,基因组特征,系统发育分析,青藏高原,药用植物,Rhodiola,高通量测序技术,基因组测序,基因组全长,bp,拷贝,重复区,四分体,分体结构,编码蛋白,tRNA,rRNA,密码子,亮氨酸,Leu,IRa,IRb,rps19,ycf1,基因缺失,trnH,圣地,亲缘关系,单核苷酸多态性,SNP,异频,序列分析,遗传多样性,多样性研究,合理开发,简单重复序列,边界分析
AB值：
0.264828
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