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梅花草属叶绿体基因组进化分析
文献摘要：
叶绿体基因组序列变异和基因组成等特征可有效反映植物类群间的系统发育和进化关系.本研究利用Illumina高通量测序平台对梅花草属(Parnassia)及其近缘属5种植物的叶绿体基因组进行测序和组装,同时基于已发表的近缘种叶绿体基因组信息,对梅花草属叶绿体基因组结构特征、序列遗传变异和蛋白编码基因密码子偏好性比对分析.结果显示:梅花草属叶绿体基因组整体结构较为保守,均为四分体结构;梅花草多个基因出现假基因化,而本属其他物种叶绿体基因组成一致,均编码115个基因;与近缘属物种相比,本属所有物种均丢失rpl16基因的内含子;蛋白质编码基因的非同义/同义替代率比值较低,叶绿体基因可能经历纯化选择作用;密码子偏好性聚类结果与蛋白编码序列重建的系统发育关系结果一致.本研究表明选择压力可能在梅花草属叶绿体基因组蛋白编码基因进化过程中发挥作用,有助于进一步理解梅花草属植物的进化和适应机制.
文献关键词：
梅花草属;叶绿体基因组;密码子偏好性;系统发育;进化
中图分类号：
作者姓名：
夏铭泽;张发起;迟晓峰;韩霜;陈世龙
作者机构：
中国科学院西北高原生物研究所高原生物适应与进化重点实验室,西宁 810001;中国科学院大学,北京 100049
文献出处：
引用格式：
[1]夏铭泽;张发起;迟晓峰;韩霜;陈世龙-.梅花草属叶绿体基因组进化分析)[J].植物研究,2022(04):626-636
A类：
梅花草属,Parnassia
B类：
叶绿体基因组,基因组进化,进化分析,基因组序列,序列变异,类群,进化关系,研究利用,Illumina,高通量测序平台,近缘属,近缘种,基因组信息,基因组结构,遗传变异,蛋白编码,密码子偏好性,比对分析,整体结构,四分体,分体结构,假基因,所有物,rpl16,内含子,蛋白质编码基因,非同,同义,替代率,选择作用,编码序列,序列重建,系统发育关系,选择压力,组蛋白,基因进化,适应机制
AB值：
0.225374
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