典型文献
黄桃叶绿体基因组的组装与序列分析
文献摘要：
以'锦绣'黄桃为试材,利用Illumina NovaSeq 6000测定'锦绣'黄桃的DNA序列,用SPAdes v3.10.1组装叶绿体基因组,以桃树叶绿体基因组为参考,对其进行叶绿体基因组特征和进化树分析,为进一步开展'锦绣'黄桃遗传与鉴定学研究奠定良好基础.结果表明:'锦绣'黄桃叶绿体基因组全长为157786 bp,具有典型的四分体环状结构,GC含量为36.77％,AT含量为63.23％,包括1个大单拷贝区(LSC)、1对反向重复区(IR)和1个小单拷贝区(SSC),序列长度分别为85924、26381、19100 bp,LSC、IR和SSC区域中的GC含量分别为34.61％、42.58％、30.41％.'锦绣'黄桃的叶绿体基因组共注释得到130个基因,包括85个蛋白编码基因、37个tRNA基因和8个rRNA基因;按照功能分类将其分为光合作用相关基因、自我复制相关基因、其他基因和未知功能基因4大类,在这些基因中包括18个双拷贝基因,分别是1个NADH脱氢酶亚基基因(ndhB)、4个自我复制基因(rpl2、rpl23、rps12、rps7)、4个rRNA基因(rrn16、rrn23、rrn4.5、rrn5)、7个tRNA基因(trnA-UGC、trnI-CAU、trnI-GAU、trnL-CAA、trnN-GUU、trnR-ACG、trnV-GAC)、2个未知功能蛋白基因(ycf1、ycf2).在'锦绣'黄桃叶绿体基因组中查找248个SSR位点,分布在LSC、SSC、IR区域的SSR数量分别为165、44、39个,占比分别为66.53％、17.74％、15.73％,以单核苷酸重复占绝对优势,主要是A/T,其次是三核苷酸类型,其优势重复单元类型是ATA、TAT和T TA.进化树分析表明,'锦绣'黄桃与桃树(Prunus persica,MH169125.1)亲缘关系最近.本研究建立了适于'锦绣'黄桃完整叶绿体基因组组装及其特征分析的方法,为'锦绣'黄桃的鉴定和系统发育研究奠定基础.
文献关键词：
’锦绣’黄桃;叶绿体基因组;组装;序列分析;进化树分析
中图分类号：
作者姓名：
龚意辉;周桂花;李丽梅;曾永贤;陈致印
作者机构：
湖南人文科技学院农业与生物技术学院,湖南娄底 417000
文献出处：
引用格式：
[1]龚意辉;周桂花;李丽梅;曾永贤;陈致印-.黄桃叶绿体基因组的组装与序列分析)[J].热带作物学报,2022(08):1545-1553
A类：
SPAdes,rrn16,rrn23,rrn4,rrn5,MH169125
B类：
黄桃,叶绿体基因组,序列分析,锦绣,Illumina,NovaSeq,v3,桃树,树叶,基因组特征,进化树分析,定学,良好基础,基因组全长,bp,四分体,环状结构,拷贝,LSC,重复区,SSC,蛋白编码,编码基因,tRNA,rRNA,功能分类,光合作用相关基因,功能基因,NADH,亚基,ndhB,复制基因,rpl23,rps12,rps7,trnA,UGC,trnI,CAU,GAU,trnL,CAA,trnN,GUU,trnR,ACG,trnV,GAC,功能蛋白,ycf1,ycf2,SSR,单核苷酸,绝对优势,核苷酸类,单元类型,ATA,TAT,Prunus,persica,亲缘关系,适于,整叶,基因组组装,系统发育
AB值：
0.392941
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