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典型文献
猴欢喜叶绿体全基因组及杜英科系统地位分析
文献摘要:
最新的分子系统发育(APG IV)研究中以猴欢喜属(Sloanea L.)为代表的杜英科(Elaeocarpaceae)所在的酢浆草目(Oxalidales)被置于豆类分支(Fabids),且与卫矛目(Celastrales)、金虎尾目(Malpighiales)组成一支(COM分支),但支持率较低.为提高COM分支支持率,该文以杜英科猴欢喜属猴欢喜(Sloanea sinensis)为材料,应用Illumina Hiseq 2500对猴欢喜叶绿体基因组进行测序,并通过Geneious 11.0,PGA和Shiny软件进行组装,注释和绘制基因组图谱,之后使用MISA和IRscope软件对叶绿体基因组特征进行分析,并使用PhyloSuite软件构建豆类分支系统发育树.结果表明:(1)猴欢喜叶绿体基因组全长157546 bp,GC含量为37.0%,包含一对25984 bp的反向重复区、大单拷贝区(87903 bp)和小单拷贝区(17675 bp).(2)在猴欢喜叶绿体基因组中有113个非重复基因,包括79个蛋白质编码基因、4个rRNA基因和30个tRNA基因;共检测到81个SSR位点,其中大部分是单核苷酸重复序列;通过IR边界区比较分析,发现日本杜英(Elaeocarpus japonicus)和猴欢喜在LSC/IRb和IRa/LSC边界上存在明显差异.(3)构建豆类分支叶绿体全基因组最大似然法系统发育树,猴欢喜同日本杜英亲缘关系最近,与酢浆草科(Oxaliadaceae)阳桃(Averrhoa carambola)、红花酢浆草(Oxalis corymbosa)和O.drummondii聚为一支,支持杜英科归于酢浆草目并且处在豆类分支中,且卫矛目、酢浆草目和金虎尾目演化支(COM分支)支持率高达100%.该研究基于猴欢喜叶绿体基因组进一步确定了杜英科和COM分支的系统地位.
文献关键词:
猴欢喜;叶绿体基因组;系统发育分析;基因组比较;COM分支
作者姓名:
王一麾;谢宜飞;张志翔;金佳怡;邱相东;童阳
作者机构:
赣南师范大学 生命科学学院,江西 赣州341000;赣南师范大学 南岭植物标本馆,江西 赣州341000;北京林业大学 生态与自然保护学院,北京100083
文献出处:
引用格式:
[1]王一麾;谢宜飞;张志翔;金佳怡;邱相东;童阳-.猴欢喜叶绿体全基因组及杜英科系统地位分析)[J].广西植物,2022(01):39-48
A类:
猴欢喜,Sloanea,Oxalidales,Fabids,Celastrales,Malpighiales,IRscope,PhyloSuite,Oxaliadaceae,Averrhoa,carambola,corymbosa,drummondii
B类:
叶绿体全基因组,杜英科,科系,分子系统发育,APG,IV,Elaeocarpaceae,酢浆草,豆类,卫矛,虎尾,COM,支持率,sinensis,Illumina,Hiseq,叶绿体基因组,Geneious,PGA,Shiny,基因组图谱,MISA,基因组特征,软件构建,支系,系统发育树,基因组全长,bp,重复区,拷贝,蛋白质编码基因,rRNA,tRNA,SSR,单核苷酸,重复序列,Elaeocarpus,japonicus,LSC,IRb,IRa,最大似然法,法系,同日,亲缘关系,草科,阳桃,红花,Oxalis,归于,系统发育分析,基因组比较
AB值:
0.271503
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