典型文献
持续感染口蹄疫病毒VP1蛋白对细胞转录组的影响
文献摘要：
[目的]通过转录组测序(RNA-Seq)方法分析持续感染口蹄疫病毒结构蛋白VP1诱导的PK-15细胞基因表达谱的变化,探索VP1蛋白对宿主细胞信号通路的影响.为后续开展VP1影响FMDV持续感染相关机制研究提供基础数据和理论支持.[方法]PK-15细胞分别转染pCAGGS-HA(对照载体)、pCAGGS-HA-Pi-VP1质粒,转染36 h后,Western blot检测VP1蛋白表达,同时提取两组细胞总RNA进行转录组测序(每组3个重复,2组6个样本).将测序所得的序列进行过滤比对,获得差异表达基因后,对差异表达基因进行了生物信息学分析.采用qRT-PCR验证关键差异表达基因的表达.[结果]RNA-Seq共鉴定出3376个差异表达基因(DEGs)|log2(Fold Change)|>0和padj<0.05,其中上调基因1744个,下调基因1632个.许多参与免疫反应和炎症的效应基因差异表达.GO和KEGG富集分析显示,差异基因GO条目绝大部分与核糖体有关,而KEGG富集中涉及了与天然免疫相关的信号通路,如TNF信号通路、Toll受体信号通路.[结论]pCAGGS-HA-Pi-VP1转染PK-15细胞之后,改变了细胞的表达谱,获得的DEGs及其功能注释信息有助于理解其对宿主细胞的影响,为后续开展VP1影响FMDV持续感染相关机制研究提供基础数据和理论支持.
文献关键词：
转录组;基因表达谱;FMDV;持续感染;VP1;差异表达基因
中图分类号：
作者姓名：
杨黎;刘萍;韦美华;柯雄锋;刘丽清;宋静静;方莹;唐欢;孔令保;辛秀
作者机构：
江西农业大学 病原微生物研究所,江西 南昌 330045;江西农业大学 生物科学与工程学院,江西 南昌330045;南昌市动物病毒与基因工程重点实验室,江西 南昌 330045
文献出处：
引用格式：
[1]杨黎;刘萍;韦美华;柯雄锋;刘丽清;宋静静;方莹;唐欢;孔令保;辛秀-.持续感染口蹄疫病毒VP1蛋白对细胞转录组的影响)[J].江西农业大学学报,2022(02):411-421
A类：
padj
B类：
持续感染,口蹄疫病毒,VP1,转录组测序,Seq,结构蛋白,PK,基因表达谱,宿主,主细胞,细胞信号通路,FMDV,相关机制,转染,pCAGGS,HA,Pi,质粒,blot,同时提取,行过滤,差异表达基因,生物信息学分析,qRT,DEGs,log2,Fold,Change,免疫反应,基因差异表达,富集分析,差异基因,条目,绝大部分,核糖体,天然免疫,免疫相关,Toll,功能注释
AB值：
0.276922
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
