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低氧应激下克氏原螯虾肝胰腺转录组分析
文献摘要：
为研究克氏原螯虾(Procambarus clarkii)在低氧应激下机体应对低氧胁迫的分子机制,本研究对低氧应激下克氏原螯虾的肝胰腺进行了转录组测序分析.所得序列经质控、组装后比对到非冗余蛋白库(NR)、蛋白质序列数据库(Swiss-Prot)、蛋白质家族集合数据库(pfam)、蛋白直系同源簇数据库(COG)、基因本体(GO)和生物学通路分析(KEGG)数据库中注释,并进行差异基因聚类分析.结果显示,测序共获得了125496个特异基因(Unigenes),平均长度为760.08 bp.对比正常状态组,显示差异表达基因251个.GO功能富集前十的条目包括组蛋白H3-K36甲基化负调控、黄体溶解等条目.KEGG富集结果显示,低氧应激下差异表达基因富集在钙信号重要通路、磷脂酰肌醇信号通路、缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸的降解,脂肪酸代谢以及糖代谢等通路.同时KEGG通路分析结果显示,环磷酸腺苷(cAMP)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)和磷脂酰肌醇-3激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)这三个信号通路在机体适应低氧环境、维持细胞存活中发挥了重要作用.这些结果表明在低氧应激下,克氏原螯虾机体产生各种转录因子调控下游基因表达,进而激活虾体适应低氧应激的一系列生理活动,增强体内能量物质的无氧代谢途径,为机体应对低氧应激提供能量;同时黄体溶解功能富集,提示低氧应激对于性腺发育具有不良影响.
文献关键词：
克氏原螯虾(Procambarus clarkii);低氧应激;转录组测序;能量代谢;信号通路
中图分类号：
作者姓名：
于瑶瑶;王丹;徐进;徐滨;马宝珊;朱祥云
作者机构：
上海海洋大学水产与生命学院, 上海201306;中国水产科学研究院长江水产研究所,农业农村部淡水生物多样性保护重点实验室, 武汉430223
文献出处：
引用格式：
[1]于瑶瑶;王丹;徐进;徐滨;马宝珊;朱祥云-.低氧应激下克氏原螯虾肝胰腺转录组分析)[J].淡水渔业,2022(06):26-35
A类：
pfam,K36
B类：
低氧应激,克氏原螯虾,肝胰腺,转录组分析,Procambarus,clarkii,下机,低氧胁迫,转录组测序分析,质控,非冗余,NR,蛋白质序列,序列数据,Swiss,Prot,集合数据,直系,COG,基因本体,生物学通路,通路分析,差异基因,共获,Unigenes,平均长度,bp,正常状态,差异表达基因,功能富集,条目,组蛋白,H3,甲基化,负调控,黄体溶解,集结,基因富集,钙信号,磷脂酰肌醇,缬氨酸,异亮氨酸,脂肪酸代谢,糖代谢,环磷酸腺苷,cAMP,丝裂原活化蛋白激酶,MAPK,PI3K,Akt,低氧环境,细胞存活,增强体,内能,能量物质,无氧,氧代谢,代谢途径,供能,性腺发育,能量代谢
AB值：
0.361456
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